More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_3068 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  100 
 
 		 298 aa  590  1e-168  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  57.84 
 
 		 306 aa  285  7e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  50.91 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  51.04 
 
 		 284 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  52.46 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  48.97 
 
 		 289 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  48.97 
 
 		 289 aa  242  5e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  48.97 
 
 		 289 aa  242  5e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  51 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  50.8 
 
 		 279 aa  236  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  48.01 
 
 		 303 aa  221  9e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  46.15 
 
 		 290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  46.95 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  47.62 
 
 		 275 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  45.74 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  41.88 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  42.96 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  39.47 
 
 		 359 aa  188  9e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  42.13 
 
 		 293 aa  182  6e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  43.13 
 
 		 282 aa  180  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  41.41 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  46.9 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  38.14 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  40.56 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  41.88 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  39.86 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  40.88 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  45.56 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  37.18 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  46.69 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  35.12 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  38.2 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  39.11 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  44.17 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  35.77 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  34.88 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  35.84 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  38.71 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  37.63 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  36.73 
 
 		 271 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  39.05 
 
 		 386 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  42.21 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  31.27 
 
 		 389 aa  90.9  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  35.08 
 
 		 519 aa  90.5  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  43.07 
 
 		 356 aa  90.9  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 219 aa  89.7  5e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  42.75 
 
 		 201 aa  89.7  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  34.98 
 
 		 327 aa  89.7  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  41.56 
 
 		 281 aa  89.7  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.03 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  39.86 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.68 
 
 		 486 aa  87  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  33.82 
 
 		 240 aa  86.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  42.65 
 
 		 236 aa  85.9  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  36.03 
 
 		 487 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  36.03 
 
 		 487 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  42.86 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  36.2 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  37.28 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  33.33 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.66 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.25 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  37.93 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  35.92 
 
 		 348 aa  82.4  0.000000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  34.67 
 
 		 579 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  38.41 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.3 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  31.38 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  36.51 
 
 		 569 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  33.56 
 
 		 556 aa  78.6  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  34.1 
 
 		 267 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.17 
 
 		 554 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  40 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.5 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  35.68 
 
 		 234 aa  75.5  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  41.46 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  32.37 
 
 		 141 aa  73.9  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  37.12 
 
 		 541 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  34.42 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  35.94 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  39.37 
 
 		 523 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 511 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  33.85 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  33.85 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  28.11 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  34.38 
 
 		 190 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  31.5 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  34.38 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  30.48 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  30.18 
 
 		 570 aa  70.1  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  34.29 
 
 		 396 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  32.72 
 
 		 324 aa  68.9  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  28.14 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  34.38 
 
 		 190 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>