47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2835 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  100 
 
 		 227 aa  441  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0895  rhomboid-like protein  54.19 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0444  rhomboid-like protein  56.44 
 
 		 228 aa  234  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0456  rhomboid family protein  52.49 
 
 		 228 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0467  rhomboid family protein  50.91 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0830945 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3954  rhomboid family protein  40.69 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  27.07 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  32.92 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  26.83 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  33.64 
 
 		 276 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  30.92 
 
 		 265 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  34.31 
 
 		 279 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  30.34 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  34.31 
 
 		 375 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  25.56 
 
 		 190 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  25.56 
 
 		 190 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  24.81 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  24.81 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  27.07 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  28.83 
 
 		 266 aa  48.9  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  26.9 
 
 		 263 aa  48.5  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  26.32 
 
 		 182 aa  48.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  24.06 
 
 		 190 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  28.21 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  27.16 
 
 		 396 aa  47.4  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  27.8 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3327  rhomboid family membrane protein  27.63 
 
 		 219 aa  45.8  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0229306  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 274 aa  45.8  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4052  rhomboid family protein  27.63 
 
 		 219 aa  45.8  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0629739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  27.48 
 
 		 487 aa  45.1  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  27.48 
 
 		 487 aa  45.1  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  25.86 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  38.96 
 
 		 240 aa  44.3  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  27.85 
 
 		 279 aa  43.9  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  26.37 
 
 		 444 aa  43.1  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  29.55 
 
 		 313 aa  43.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  27.87 
 
 		 197 aa  42.7  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  35 
 
 		 264 aa  42.7  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  25.35 
 
 		 219 aa  42.4  0.006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  29.73 
 
 		 342 aa  42.4  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  32.69 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  28.48 
 
 		 232 aa  42  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  30.95 
 
 		 260 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.89 
 
 		 231 aa  42  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  25 
 
 		 556 aa  42  0.009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  23 
 
 		 211 aa  41.6  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>