247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2152 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  100 
 
 		 279 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  85.71 
 
 		 276 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  85.59 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  92.09 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  80 
 
 		 262 aa  347  1e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  73.39 
 
 		 264 aa  334  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  76.29 
 
 		 264 aa  312  4.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  47.46 
 
 		 266 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  41.25 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  39.29 
 
 		 263 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  38.02 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  37.08 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  39.92 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  34.51 
 
 		 274 aa  141  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  34.17 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  33.57 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  37.83 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  33.2 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  40.87 
 
 		 266 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  35.86 
 
 		 253 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  33.81 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  35.46 
 
 		 253 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  35.34 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  42.94 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  36.4 
 
 		 243 aa  99  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  37.2 
 
 		 218 aa  85.1  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.21 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.75 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 220 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.22 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  31.36 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  31.55 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.19 
 
 		 252 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  30.48 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.25 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  27.98 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.09 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  26.18 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  29.5 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  29.88 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 215 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  28.14 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.54 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  28.38 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  28.28 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  29.19 
 
 		 273 aa  67  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  30.91 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  25.11 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  30.27 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  29.73 
 
 		 222 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.12 
 
 		 224 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  31.1 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  33.51 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.75 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  29.45 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1084  rhomboid family protein  30.16 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0579357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  28.43 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  32.35 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  39.6 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  30.39 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  28.4 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  34.73 
 
 		 260 aa  62  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  31.71 
 
 		 253 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  27.61 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  34.13 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  39.74 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.87 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  34.13 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  27.43 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  28.82 
 
 		 362 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  32.86 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  27.56 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  27.35 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  45.78 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  29.82 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  34.16 
 
 		 261 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  45.78 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  45.78 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  45.78 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  27.69 
 
 		 227 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  31.55 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  27.39 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  30.3 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  28.34 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 360 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  31.28 
 
 		 360 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  37.5 
 
 		 220 aa  57  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  39.33 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  30.49 
 
 		 238 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  28.82 
 
 		 224 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>