166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2202 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  100 
 
 		 263 aa  521  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  54.22 
 
 		 263 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  53.01 
 
 		 263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  42.54 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  43.39 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  37.75 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  37.75 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  36.73 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  41.13 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  36.86 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  40.26 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  36.23 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  39.22 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  39.76 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  36.82 
 
 		 226 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  33.62 
 
 		 240 aa  125  5e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  36.03 
 
 		 273 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  39.74 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  38.08 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  40.47 
 
 		 375 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  34.07 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  33.7 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  36.03 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  34.1 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  38.1 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.89 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.4 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  32.4 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  28.88 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.21 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  32.48 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  32.04 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  30.05 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.95 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  31.06 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  28.24 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  30 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  35.48 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  27.78 
 
 		 218 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  29.31 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  32.95 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  29.44 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  25.45 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  34.36 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  31.34 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  32.54 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32.46 
 
 		 579 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  28.76 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  35.4 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  27.23 
 
 		 261 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  30.63 
 
 		 248 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  32.7 
 
 		 224 aa  53.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  27.6 
 
 		 225 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  27 
 
 		 362 aa  53.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  45.21 
 
 		 215 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  32 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.09 
 
 		 231 aa  53.1  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  33.53 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  30.89 
 
 		 232 aa  52.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  29.1 
 
 		 232 aa  52.8  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  26.9 
 
 		 396 aa  52.4  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  30.11 
 
 		 241 aa  52.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  32.23 
 
 		 249 aa  52  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  39.24 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 298 aa  50.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  32.2 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  40.7 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  28.74 
 
 		 290 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  32.06 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 200 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.12 
 
 		 271 aa  49.7  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 444 aa  49.7  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34.91 
 
 		 197 aa  49.3  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  40 
 
 		 225 aa  48.9  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  41.89 
 
 		 243 aa  49.3  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  30.18 
 
 		 298 aa  48.9  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 279 aa  48.9  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  26.83 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  26.58 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  28.99 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  33.13 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 205 aa  48.5  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  33.77 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  29.19 
 
 		 324 aa  48.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  34.13 
 
 		 286 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  34.48 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  39.24 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  32.48 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  32.34 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  39.24 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 292 aa  47.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 541 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  26.95 
 
 		 360 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  28.92 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  26.95 
 
 		 360 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 541 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>