223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3898 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  100 
 
 		 256 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  84.68 
 
 		 276 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  85.59 
 
 		 279 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  84.04 
 
 		 375 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  76.29 
 
 		 262 aa  337  7e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  70.04 
 
 		 264 aa  330  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  74.35 
 
 		 264 aa  305  6e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  50.82 
 
 		 266 aa  210  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  40.8 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  40.42 
 
 		 263 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  38.61 
 
 		 263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  36.19 
 
 		 273 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  39.23 
 
 		 265 aa  139  7e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  34.81 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  35.6 
 
 		 253 aa  136  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 266 aa  135  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  34.91 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  35.2 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  32.72 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  32.35 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  32.35 
 
 		 274 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  36.17 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  37.56 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  36.29 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  41.42 
 
 		 256 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  35.32 
 
 		 263 aa  85.9  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  35.89 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  33.7 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.51 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.29 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.01 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.82 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  28.39 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  29.85 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  32.86 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  25.64 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  32.16 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  34.15 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  27.32 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.96 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  28.23 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.47 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  30.06 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  30.39 
 
 		 224 aa  68.6  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  30.48 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.87 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.75 
 
 		 261 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  28.83 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  27 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  31.86 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  27.39 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  27.2 
 
 		 324 aa  65.5  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  28.72 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  32.73 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  25.35 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  28.32 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  27.78 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  32 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  39.33 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  27.62 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  27.39 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  28.81 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  28.82 
 
 		 362 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  30.92 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  28.06 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1084  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0579357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  28.21 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  25.83 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  25 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  31.1 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  25.61 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  28.9 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  32.97 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  24.69 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  26.54 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  28.48 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  43.37 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  28.31 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  42.17 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  27.03 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  31.76 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  37.74 
 
 		 197 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  42.17 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  42.17 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  42.17 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  42.17 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  42.17 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  27.03 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  32.65 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  37.5 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  30.95 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  37.35 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  31.61 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>