More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2907 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  100 
 
 
273 aa  551  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  72.56 
 
 
276 aa  408  1e-113  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  69.49 
 
 
273 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  71.58 
 
 
278 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  68.68 
 
 
264 aa  369  1e-101  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  64 
 
 
273 aa  365  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  61.79 
 
 
283 aa  358  5e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  51.23 
 
 
220 aa  196  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  45.61 
 
 
228 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  43.66 
 
 
226 aa  168  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  45.5 
 
 
200 aa  161  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  43.96 
 
 
226 aa  161  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  40.83 
 
 
220 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  39.91 
 
 
220 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  47.98 
 
 
196 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  41.43 
 
 
232 aa  142  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  39.83 
 
 
247 aa  135  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  35.59 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  39.71 
 
 
238 aa  132  5e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  41.23 
 
 
224 aa  132  6.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  36.28 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  35.19 
 
 
249 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  36.41 
 
 
285 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  39.89 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  38.25 
 
 
198 aa  118  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.85 
 
 
291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  39.09 
 
 
197 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  37.68 
 
 
209 aa  113  4.0000000000000004e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  33.45 
 
 
290 aa  109  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  41.3 
 
 
197 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  41.3 
 
 
197 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  38.92 
 
 
197 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  33.64 
 
 
286 aa  105  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  32.97 
 
 
296 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  32.43 
 
 
234 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  28.71 
 
 
293 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  33 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  33 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  33.5 
 
 
202 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  33.5 
 
 
202 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  36.93 
 
 
279 aa  97.8  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  33.5 
 
 
202 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  33.5 
 
 
202 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  33 
 
 
229 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  39.47 
 
 
249 aa  97.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  32.97 
 
 
237 aa  95.5  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  32.71 
 
 
246 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  31.1 
 
 
297 aa  92  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  43.36 
 
 
277 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  39.01 
 
 
207 aa  92  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  30.77 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  33.33 
 
 
258 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  28.23 
 
 
304 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  36.3 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  36.13 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  35.86 
 
 
249 aa  86.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.3 
 
 
241 aa  85.5  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  31.61 
 
 
211 aa  85.5  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  34.5 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  31.55 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  57.14 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  36.55 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  28.73 
 
 
324 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  31.79 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  27.12 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  33.33 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  38.19 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  37.82 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  34.44 
 
 
222 aa  82.4  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  34.69 
 
 
252 aa  82  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  32.19 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  38.04 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.33 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  29.19 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  35.35 
 
 
221 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  35.75 
 
 
246 aa  80.9  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  29.95 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.74 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  36.31 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  28.57 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  31.88 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  32.67 
 
 
231 aa  79  0.00000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  36.36 
 
 
284 aa  79  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  34.75 
 
 
205 aa  78.6  0.00000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  29.26 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.79 
 
 
261 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  33.93 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.43 
 
 
231 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  48.39 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  29 
 
 
279 aa  75.9  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  33.52 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  34.29 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  35.97 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  31.5 
 
 
232 aa  75.5  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.58 
 
 
218 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  29.9 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  38.76 
 
 
155 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  30.82 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  37.32 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>