234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2653 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  100 
 
 		 266 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  45.49 
 
 		 266 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  44.14 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  39.67 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  40.16 
 
 		 276 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  42.06 
 
 		 256 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  41.57 
 
 		 264 aa  148  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  40.43 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  41.41 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  39.23 
 
 		 265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  37.64 
 
 		 263 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  41.59 
 
 		 375 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  37.96 
 
 		 263 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  40.16 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  36.7 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  36.64 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  35.48 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  35.52 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  36.55 
 
 		 226 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  34.94 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  38.71 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  32.1 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  34.94 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  39.31 
 
 		 273 aa  118  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  35.63 
 
 		 274 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  34 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  37.21 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 248 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  31.78 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.18 
 
 		 231 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  31.56 
 
 		 237 aa  86.3  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  32.02 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.93 
 
 		 218 aa  85.5  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.99 
 
 		 224 aa  85.5  9e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  30.38 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.79 
 
 		 252 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  34.31 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  30.71 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  32.4 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  33.05 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  31.38 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  29.07 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  34.05 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  31.67 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  28.81 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  33.54 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  37.7 
 
 		 241 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  37.65 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  29.87 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  37.13 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  36.31 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  36.65 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  30.56 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  35.79 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  29.61 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.14 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  33.88 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  36.13 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 324 aa  72.4  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  35.37 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  30.73 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  33.73 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.34 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  35.5 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  36.08 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  33.92 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  33.13 
 
 		 215 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  28.11 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  41.46 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  32.28 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  44.87 
 
 		 483 aa  65.9  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  28.07 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  34.43 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  32.22 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  26.25 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  27.91 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  29.46 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.93 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  29.84 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  35.9 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  36.08 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  41.41 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  30.67 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  26.5 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.89 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  34.32 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  28.02 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  30.19 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  32.12 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  28.92 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  28.27 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>