More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1300 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  100 
 
 		 239 aa  470  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  45.15 
 
 		 231 aa  197  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  47.87 
 
 		 224 aa  189  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  45.15 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  43.61 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  43.56 
 
 		 215 aa  175  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  43.16 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  43.89 
 
 		 218 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  43.93 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  50.47 
 
 		 258 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  43.48 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  44.05 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  40.33 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  45.19 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  44.93 
 
 		 284 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  43.86 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  45.21 
 
 		 324 aa  168  6e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  45.54 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  42.45 
 
 		 237 aa  164  9e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  40.85 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  41.15 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  41.77 
 
 		 249 aa  161  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  44.35 
 
 		 229 aa  158  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  43.05 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  50 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  42.31 
 
 		 246 aa  156  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  46.58 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  42.74 
 
 		 247 aa  155  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  43.32 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  41.98 
 
 		 252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  39.3 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  41.1 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  42.24 
 
 		 245 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  40.36 
 
 		 222 aa  149  5e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  41.98 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  42.22 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  48.82 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  41.59 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  39.58 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  37.96 
 
 		 241 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  39.74 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  48.36 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  38.67 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  48.83 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  39.91 
 
 		 232 aa  143  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  42.36 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  39.73 
 
 		 252 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  40.32 
 
 		 243 aa  138  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  40.5 
 
 		 231 aa  138  6e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  38.22 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  39.44 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  39.13 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  45.45 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  38.27 
 
 		 252 aa  135  4e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  42.15 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  36.73 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  41.03 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  40 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  36.8 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  39.35 
 
 		 211 aa  133  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  39.69 
 
 		 264 aa  131  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  41.15 
 
 		 298 aa  131  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  41.63 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  39.39 
 
 		 444 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  35.32 
 
 		 231 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  39.11 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  39.11 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  39.64 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  39.11 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  49.02 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  37.21 
 
 		 362 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  38.53 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  36.17 
 
 		 248 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.73 
 
 		 263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  36.14 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  35 
 
 		 360 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  35 
 
 		 360 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  37.6 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  34.23 
 
 		 360 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  39.02 
 
 		 265 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  36.95 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0405  Rhomboid family protein  41.82 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  26.48 
 
 		 267 aa  98.6  7e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  33.04 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  38.32 
 
 		 230 aa  98.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  35.29 
 
 		 251 aa  95.5  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  35.81 
 
 		 360 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  36.9 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  32.88 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  34.22 
 
 		 371 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  38.73 
 
 		 504 aa  89.4  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0365  hypothetical protein  40.69 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0329  rhomboid family protein  40.69 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  29.65 
 
 		 273 aa  86.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  31.61 
 
 		 496 aa  86.3  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  32.02 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>