More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0702 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  100 
 
 		 360 aa  745    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  78.06 
 
 		 360 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  71.94 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  71.94 
 
 		 360 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  68.26 
 
 		 362 aa  526  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  47.77 
 
 		 364 aa  324  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  41.98 
 
 		 284 aa  143  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  44.12 
 
 		 258 aa  142  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  42.42 
 
 		 256 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  40.25 
 
 		 249 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  40.93 
 
 		 243 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  49.66 
 
 		 253 aa  123  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  45.14 
 
 		 252 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  40.78 
 
 		 238 aa  120  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  37.73 
 
 		 229 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  35.29 
 
 		 218 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  41.18 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  34.05 
 
 		 234 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  35.45 
 
 		 220 aa  114  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  45.52 
 
 		 241 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  36.71 
 
 		 251 aa  113  6e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  35.51 
 
 		 246 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  35.81 
 
 		 239 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  38.14 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  38.14 
 
 		 246 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  36.02 
 
 		 249 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  37.98 
 
 		 222 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  33.49 
 
 		 228 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 232 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  42.86 
 
 		 252 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.59 
 
 		 231 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  36.15 
 
 		 237 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  33.04 
 
 		 233 aa  108  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  38.43 
 
 		 232 aa  108  2e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  33.48 
 
 		 236 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.11 
 
 		 222 aa  107  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.7 
 
 		 246 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  32.42 
 
 		 237 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  33.64 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.86 
 
 		 225 aa  105  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  34.04 
 
 		 219 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  39.51 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  41.24 
 
 		 240 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  33.04 
 
 		 230 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  37.43 
 
 		 211 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.68 
 
 		 211 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  35.78 
 
 		 237 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  33.66 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  33.62 
 
 		 231 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  32.42 
 
 		 222 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  39.46 
 
 		 248 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 231 aa  103  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  42.57 
 
 		 260 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  34.74 
 
 		 224 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  34.24 
 
 		 227 aa  101  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  33 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  36 
 
 		 239 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  34.96 
 
 		 232 aa  101  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  30.88 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.6 
 
 		 218 aa  100  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  40.25 
 
 		 247 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 215 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 231 aa  99.4  8e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  41.06 
 
 		 263 aa  99.4  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.94 
 
 		 519 aa  98.6  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  37.35 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  35.35 
 
 		 221 aa  96.7  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  32.67 
 
 		 237 aa  96.3  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 248 aa  96.3  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.65 
 
 		 227 aa  96.3  8e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  39.01 
 
 		 252 aa  95.5  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  31.96 
 
 		 504 aa  95.5  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  33.93 
 
 		 245 aa  94.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  34.76 
 
 		 252 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  32.77 
 
 		 264 aa  90.9  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  33.2 
 
 		 246 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  36.78 
 
 		 251 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.54 
 
 		 444 aa  89  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  32.1 
 
 		 246 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  29.63 
 
 		 259 aa  88.6  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  33.2 
 
 		 246 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  30.18 
 
 		 245 aa  87.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  38.61 
 
 		 298 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  35.57 
 
 		 265 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  30.95 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.96 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 496 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  34.21 
 
 		 492 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  28.9 
 
 		 525 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  32.83 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  36.62 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  39.87 
 
 		 289 aa  82.4  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  34.92 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  28.91 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  36.03 
 
 		 520 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  33.52 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  35.29 
 
 		 520 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  30.26 
 
 		 251 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31.75 
 
 		 303 aa  79.3  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>