More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0913 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  100 
 
 
247 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  74.8 
 
 
246 aa  371  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  62.3 
 
 
248 aa  324  7e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  62.34 
 
 
247 aa  300  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  59.05 
 
 
237 aa  284  8e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  48.67 
 
 
237 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  46.22 
 
 
232 aa  201  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  49.78 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  46.84 
 
 
231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  48.67 
 
 
231 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  51.35 
 
 
324 aa  187  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  44.55 
 
 
227 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  44.59 
 
 
222 aa  186  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  45.65 
 
 
222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  41.33 
 
 
233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  45.54 
 
 
246 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  44.78 
 
 
228 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  45.3 
 
 
284 aa  178  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  46.44 
 
 
237 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  43.61 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  43.69 
 
 
222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  45.18 
 
 
227 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  45.34 
 
 
253 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  43.05 
 
 
249 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  39.73 
 
 
236 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  40.52 
 
 
245 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  42.5 
 
 
252 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  42.99 
 
 
215 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  41.15 
 
 
234 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  42.59 
 
 
224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  41.13 
 
 
219 aa  162  6e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  41.78 
 
 
223 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  39.35 
 
 
239 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  42.17 
 
 
251 aa  159  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  38.39 
 
 
232 aa  158  7e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  42.62 
 
 
252 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  40 
 
 
230 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  43.67 
 
 
211 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  41.85 
 
 
225 aa  155  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  40.25 
 
 
249 aa  153  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  39.58 
 
 
239 aa  152  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  40.17 
 
 
241 aa  151  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  44.44 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  44.5 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  39.74 
 
 
240 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  42.92 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  35.56 
 
 
223 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  48.73 
 
 
260 aa  140  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  37.17 
 
 
218 aa  138  8.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  37.34 
 
 
245 aa  137  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  39.83 
 
 
243 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  40.24 
 
 
238 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  35.54 
 
 
231 aa  135  8e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  42.04 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  42.04 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  43.29 
 
 
211 aa  131  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  34.89 
 
 
221 aa  129  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  40.66 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  39.83 
 
 
246 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  38.33 
 
 
231 aa  125  6e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  39 
 
 
246 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  35.56 
 
 
229 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  35.29 
 
 
263 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  37.17 
 
 
231 aa  123  3e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  35.14 
 
 
289 aa  122  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  34.54 
 
 
264 aa  122  8e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  37.78 
 
 
232 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  33.98 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  37.4 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  35 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  37.27 
 
 
252 aa  115  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  34.82 
 
 
261 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  38.67 
 
 
444 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  31.54 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  30.83 
 
 
267 aa  110  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  33.04 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  33.04 
 
 
253 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  34.7 
 
 
362 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  32.58 
 
 
360 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  39.6 
 
 
360 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  39.6 
 
 
360 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  33.06 
 
 
252 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  38.29 
 
 
504 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  37.01 
 
 
237 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  32.74 
 
 
226 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  36.45 
 
 
278 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  34.42 
 
 
276 aa  102  7e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  32.56 
 
 
264 aa  101  9e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  33.8 
 
 
273 aa  100  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  37.91 
 
 
283 aa  99.4  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0405  Rhomboid family protein  41.26 
 
 
219 aa  97.8  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  32.24 
 
 
251 aa  96.7  3e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  30.67 
 
 
231 aa  95.1  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  34.87 
 
 
273 aa  94.7  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  30.7 
 
 
240 aa  92.8  4e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  32.63 
 
 
266 aa  92.8  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  32.45 
 
 
273 aa  92  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  30.7 
 
 
230 aa  91.7  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  31.78 
 
 
371 aa  90.1  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  40.15 
 
 
251 aa  89.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>