More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2325 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  100 
 
 		 246 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  89.02 
 
 		 246 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  89.02 
 
 		 246 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  59.52 
 
 		 284 aa  292  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  65 
 
 		 258 aa  274  8e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  58.13 
 
 		 256 aa  256  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  57.79 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  49.78 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  48 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  50.7 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  46.3 
 
 		 224 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  46.58 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  45.74 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  47.58 
 
 		 229 aa  175  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  43.36 
 
 		 249 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  45.61 
 
 		 249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  43.43 
 
 		 246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  46.26 
 
 		 240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  48.6 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  44.64 
 
 		 236 aa  171  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  47.39 
 
 		 215 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  46.67 
 
 		 241 aa  171  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  47.95 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  47.66 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  46.92 
 
 		 218 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  47.71 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  48.6 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  44.39 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  43.95 
 
 		 237 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  44.35 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  46.35 
 
 		 247 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  47.47 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  44.65 
 
 		 228 aa  161  7e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  46.79 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  42.92 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  41.52 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  42.15 
 
 		 234 aa  158  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  46.82 
 
 		 247 aa  158  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  45.28 
 
 		 211 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  44.02 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  46.54 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  43.4 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  40.16 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  42.6 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  42.79 
 
 		 251 aa  152  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  43.23 
 
 		 222 aa  151  7e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  42.04 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  41.99 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  47.54 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  43.32 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  47.6 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  42.86 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  42.92 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  42.17 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  39.37 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  42.47 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  41.7 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  40.99 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  41.94 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  44.44 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  37.79 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  43.14 
 
 		 362 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  40.89 
 
 		 252 aa  135  8e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  44.02 
 
 		 211 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  38.52 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  35.27 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  47.37 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  37.4 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  40.09 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  47.37 
 
 		 246 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  41.98 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  46.96 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  43.72 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  42.65 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  42.65 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  37.85 
 
 		 263 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  37.26 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  36.65 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  39.73 
 
 		 261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  39.27 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  39.23 
 
 		 251 aa  115  7.999999999999999e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  38.16 
 
 		 371 aa  111  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  42.4 
 
 		 360 aa  111  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  32.42 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  41.56 
 
 		 504 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  37.61 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  36.87 
 
 		 444 aa  103  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  43.88 
 
 		 251 aa  99  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0405  Rhomboid family protein  50.97 
 
 		 219 aa  99  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  39.8 
 
 		 364 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  39.47 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  28.74 
 
 		 267 aa  91.7  9e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  36.95 
 
 		 197 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  38.55 
 
 		 214 aa  90.1  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0365  hypothetical protein  39.6 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0329  rhomboid family protein  39.6 
 
 		 226 aa  86.7  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  36.73 
 
 		 198 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  41.06 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.17 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  39.07 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>