More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1446 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  100 
 
 
248 aa  500  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  61.54 
 
 
246 aa  316  2e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  62.3 
 
 
247 aa  314  8e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  57.98 
 
 
237 aa  298  5e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  57.58 
 
 
247 aa  290  2e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  44.35 
 
 
237 aa  215  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  49.13 
 
 
231 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  45.65 
 
 
232 aa  205  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  48.28 
 
 
231 aa  201  7e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  50 
 
 
324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  44.34 
 
 
227 aa  196  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  46.81 
 
 
245 aa  195  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  45.61 
 
 
227 aa  195  7e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  45.37 
 
 
222 aa  195  7e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  45.13 
 
 
220 aa  192  3e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  44.63 
 
 
237 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  43.98 
 
 
222 aa  190  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  42.69 
 
 
249 aa  185  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  42.55 
 
 
284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  43.5 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  42.22 
 
 
233 aa  181  1e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  44.8 
 
 
224 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  41.26 
 
 
236 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  43.37 
 
 
253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  40.17 
 
 
234 aa  178  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  41.92 
 
 
218 aa  178  7e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  43.1 
 
 
252 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  40.52 
 
 
228 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  43.06 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  43.35 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  40.34 
 
 
232 aa  173  2.9999999999999996e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  41.86 
 
 
239 aa  171  6.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  40.33 
 
 
239 aa  170  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  41.7 
 
 
215 aa  169  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  42.68 
 
 
230 aa  168  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  42.06 
 
 
252 aa  168  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  41.7 
 
 
241 aa  167  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  43.83 
 
 
249 aa  166  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  41.48 
 
 
225 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  39.39 
 
 
223 aa  164  9e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  41.52 
 
 
240 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  40.93 
 
 
258 aa  158  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  39.91 
 
 
219 aa  158  9e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  41.2 
 
 
245 aa  155  8e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  39.2 
 
 
243 aa  152  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  37.1 
 
 
218 aa  149  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  42.92 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  44.39 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  42.86 
 
 
211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  38.39 
 
 
229 aa  145  8.000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  35.39 
 
 
231 aa  140  9.999999999999999e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  45.09 
 
 
246 aa  138  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  34.36 
 
 
223 aa  138  7.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  44.03 
 
 
260 aa  138  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  40.27 
 
 
211 aa  137  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  37.75 
 
 
264 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  44.64 
 
 
246 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  35.04 
 
 
221 aa  135  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  33.92 
 
 
289 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  38.94 
 
 
232 aa  128  7.000000000000001e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  34.82 
 
 
265 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  36.54 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  37.72 
 
 
231 aa  126  3e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  38.63 
 
 
238 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  32.79 
 
 
261 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  36.68 
 
 
231 aa  122  4e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.06 
 
 
263 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  33.86 
 
 
252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  33.2 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  39.88 
 
 
237 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  34.78 
 
 
444 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  35.2 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  35.2 
 
 
246 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  33.49 
 
 
252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.72 
 
 
362 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  30.29 
 
 
248 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  34.4 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  34.6 
 
 
504 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  29.69 
 
 
267 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  33.33 
 
 
360 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  31.88 
 
 
251 aa  100  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.19 
 
 
360 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  33.33 
 
 
360 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0405  Rhomboid family protein  44.81 
 
 
219 aa  98.6  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  31.31 
 
 
273 aa  97.1  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  32.71 
 
 
264 aa  97.1  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  30.54 
 
 
273 aa  95.9  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  29.61 
 
 
231 aa  95.9  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  29.71 
 
 
259 aa  93.2  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  32.85 
 
 
251 aa  93.6  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  34.27 
 
 
230 aa  92  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  30.77 
 
 
273 aa  91.7  9e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  28.86 
 
 
278 aa  89.4  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  32.14 
 
 
253 aa  89.4  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  32.14 
 
 
253 aa  88.6  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.73 
 
 
283 aa  88.2  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  30.66 
 
 
254 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  31.51 
 
 
371 aa  86.3  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  31.16 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  39.46 
 
 
360 aa  85.5  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>