242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5314 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  100 
 
 		 496 aa  994    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  60.74 
 
 		 492 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  35.93 
 
 		 483 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  33.87 
 
 		 228 aa  87.8  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31.61 
 
 		 239 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  39.47 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  29.51 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  33.52 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  38.75 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  35.54 
 
 		 229 aa  82.8  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  33.33 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  33.56 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  36.6 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  34.78 
 
 		 252 aa  79  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  36.16 
 
 		 236 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  33.13 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  30.69 
 
 		 504 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  35.92 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  32.93 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.81 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  32.03 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.03 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  31.33 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 246 aa  76.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  32.47 
 
 		 265 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  35.42 
 
 		 211 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.55 
 
 		 241 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  38.56 
 
 		 237 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  34.64 
 
 		 222 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  35.9 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  34.9 
 
 		 252 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  36.69 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  37.66 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  37.66 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  34.72 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  30.73 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  37.66 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  33.54 
 
 		 247 aa  72.8  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  33.51 
 
 		 234 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  36.81 
 
 		 371 aa  72  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.22 
 
 		 231 aa  72.4  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  35.03 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  33.75 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  31.54 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  32.45 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.77 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  36.24 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  39.07 
 
 		 239 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.55 
 
 		 224 aa  69.3  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  33.97 
 
 		 237 aa  68.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  35.92 
 
 		 258 aa  69.3  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  34.42 
 
 		 223 aa  69.3  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  32.24 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  35.85 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.45 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  36.18 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  35.22 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  33.33 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 233 aa  66.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 264 aa  66.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 253 aa  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  34 
 
 		 219 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  33.93 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  38.26 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  33.95 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  31.47 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  32.05 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  32.39 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  32.9 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  29.45 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  31.61 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  30.67 
 
 		 252 aa  62.8  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  32.7 
 
 		 221 aa  63.2  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  34.19 
 
 		 259 aa  62.4  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  36.07 
 
 		 251 aa  62.4  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.87 
 
 		 218 aa  62.4  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  31.17 
 
 		 252 aa  62.4  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.41 
 
 		 486 aa  61.6  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  31.03 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.23 
 
 		 554 aa  62  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  32.11 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  33.56 
 
 		 444 aa  60.5  0.00000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  30.32 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  32.24 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  32.24 
 
 		 396 aa  59.7  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  30.51 
 
 		 280 aa  59.7  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  34.06 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  29.81 
 
 		 231 aa  58.9  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  34.53 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  32.67 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  32.39 
 
 		 569 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  32.89 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  34.31 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  30.52 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  29.94 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  28.05 
 
 		 247 aa  57  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>