254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1360 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  100 
 
 
492 aa  1008    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  60.74 
 
 
496 aa  576  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  38.28 
 
 
483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  39.52 
 
 
252 aa  92  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  30.51 
 
 
504 aa  86.7  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  37.84 
 
 
237 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  33.92 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  37.75 
 
 
229 aa  84.7  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  34.39 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  36.26 
 
 
371 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  37.41 
 
 
265 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.81 
 
 
211 aa  81.6  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.39 
 
 
225 aa  81.6  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  36.73 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  36.24 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  34.55 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  37.93 
 
 
211 aa  80.1  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  32.68 
 
 
241 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  35.17 
 
 
220 aa  79.3  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  37.96 
 
 
230 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  35.21 
 
 
215 aa  79  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  34.25 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  34.03 
 
 
252 aa  77  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  30.23 
 
 
240 aa  77  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  36.55 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  35.71 
 
 
284 aa  75.5  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  35.29 
 
 
256 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.29 
 
 
246 aa  75.1  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  34 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.37 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.21 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  32.37 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  34 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  33.33 
 
 
253 aa  73.9  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  34.15 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  33.71 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  35.19 
 
 
252 aa  73.6  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  34.78 
 
 
222 aa  73.6  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  36.13 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  34.62 
 
 
230 aa  72.8  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  34.97 
 
 
237 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  36.36 
 
 
238 aa  72.8  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  34.44 
 
 
360 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.77 
 
 
214 aa  72  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  30.87 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  32.45 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  32.34 
 
 
222 aa  70.9  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  37.74 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.65 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.44 
 
 
258 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  31.79 
 
 
223 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  35.95 
 
 
239 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  32.63 
 
 
234 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  33.56 
 
 
289 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  33.14 
 
 
190 aa  67  0.0000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.94 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.47 
 
 
218 aa  66.6  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  32.21 
 
 
224 aa  66.6  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  38.27 
 
 
232 aa  66.6  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  29.55 
 
 
280 aa  66.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  32.88 
 
 
246 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  33.1 
 
 
209 aa  65.1  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  32.88 
 
 
246 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  36.3 
 
 
205 aa  65.9  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  33.14 
 
 
267 aa  65.9  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.1 
 
 
231 aa  65.9  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  34.9 
 
 
259 aa  64.7  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  30.29 
 
 
223 aa  65.1  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  32.88 
 
 
246 aa  64.7  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  34.04 
 
 
219 aa  64.3  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  38.26 
 
 
251 aa  64.3  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  32.47 
 
 
232 aa  64.3  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  33.11 
 
 
264 aa  64.3  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  31.91 
 
 
324 aa  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  33.33 
 
 
227 aa  63.9  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  34.76 
 
 
298 aa  63.9  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  33.11 
 
 
247 aa  63.5  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  32.64 
 
 
252 aa  63.5  0.000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  32.05 
 
 
218 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34.87 
 
 
197 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  32.21 
 
 
444 aa  63.2  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  32.53 
 
 
232 aa  62  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.82 
 
 
222 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  28.38 
 
 
278 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  32.64 
 
 
221 aa  61.6  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  27.66 
 
 
231 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  30.82 
 
 
249 aa  60.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  29.27 
 
 
283 aa  60.8  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  30.99 
 
 
237 aa  59.7  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  33.09 
 
 
233 aa  60.1  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  34.48 
 
 
190 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0365  hypothetical protein  33.81 
 
 
226 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  39.78 
 
 
275 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  36.48 
 
 
359 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0329  rhomboid family protein  33.81 
 
 
226 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  31.25 
 
 
273 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  32.47 
 
 
220 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  32.26 
 
 
224 aa  58.9  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  30.05 
 
 
360 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.82 
 
 
246 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>