178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1045 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  100 
 
 		 243 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  46.25 
 
 		 263 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  46.25 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  44.26 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  42.13 
 
 		 266 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  38.11 
 
 		 253 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  37.7 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  38.02 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  42.41 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  39.65 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  36.43 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  44.34 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  39.34 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  36.78 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  35.27 
 
 		 274 aa  141  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  40.91 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  40.17 
 
 		 262 aa  131  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  34.1 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  39.38 
 
 		 256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  35.78 
 
 		 279 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  39.47 
 
 		 264 aa  122  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  34.77 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  36.76 
 
 		 375 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  32.11 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  31.98 
 
 		 224 aa  90.1  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  31.4 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.83 
 
 		 231 aa  85.1  9e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  33.86 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  33.96 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.54 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  32.79 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  35.79 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  35.71 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.53 
 
 		 218 aa  75.1  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  30.48 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 248 aa  72  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  35.03 
 
 		 227 aa  71.6  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  34.84 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  35.9 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  30.98 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  27.41 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  35.29 
 
 		 260 aa  68.6  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  29.83 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  30.52 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  31 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  31.6 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  31.17 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  28.5 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  30.33 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  33.13 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  34.84 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  29.22 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  31.28 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  27.75 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  30.98 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  32.08 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  35.03 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  26.62 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  30.85 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  26.13 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.47 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  31.35 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  32.18 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  29.45 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  32.05 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  32.45 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  29.81 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  32.72 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  30.81 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  32.95 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  27.95 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  28.26 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  27.92 
 
 		 273 aa  55.1  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  30.07 
 
 		 265 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  31.32 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  29.93 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  33.13 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  31.97 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 298 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 444 aa  54.3  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  30.97 
 
 		 362 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  31.58 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  30.12 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.14 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  30.82 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  29.56 
 
 		 249 aa  52.8  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  30.69 
 
 		 237 aa  52  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  30.11 
 
 		 278 aa  52  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  30.11 
 
 		 278 aa  52  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  37.18 
 
 		 483 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  28.71 
 
 		 231 aa  51.6  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  32.12 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>