168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5125 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  100 
 
 		 273 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  84.56 
 
 		 273 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  64.84 
 
 		 273 aa  330  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  60.97 
 
 		 274 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  60.97 
 
 		 274 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  59.85 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  38.55 
 
 		 265 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  37.82 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  36.4 
 
 		 276 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  38.4 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  34.8 
 
 		 253 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  34.43 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  38.49 
 
 		 263 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  36.33 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  35.55 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  36.19 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  32.22 
 
 		 226 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  36.03 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  41.71 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  32.24 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  44.25 
 
 		 375 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  34.77 
 
 		 264 aa  112  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  26.34 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  36.07 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  32.46 
 
 		 243 aa  96.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  32.62 
 
 		 246 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  34.5 
 
 		 232 aa  86.7  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  32.32 
 
 		 218 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  35.47 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  36.14 
 
 		 231 aa  85.5  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  31.67 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  30.91 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  33.95 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  31.14 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  35.19 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  32.74 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.92 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.54 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  32.52 
 
 		 215 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  30.77 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  33.89 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  30.86 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  23.44 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  27.65 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 237 aa  67  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  30.29 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  27.82 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.72 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  30.59 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  31.36 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  28.63 
 
 		 227 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  34.12 
 
 		 246 aa  65.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  29.82 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  27.44 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  27.17 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.97 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.15 
 
 		 225 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  27.44 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  31.49 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  31.61 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  30.17 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.24 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  29.94 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  29.45 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  29.94 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  31.52 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  31.58 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.21 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  28.09 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  29.94 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  30.23 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.18 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  31.71 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  30 
 
 		 239 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  29.07 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  35.04 
 
 		 197 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  31.45 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  27.59 
 
 		 229 aa  52  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  25.93 
 
 		 360 aa  51.6  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  39.47 
 
 		 483 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  28.1 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  31.54 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  30.68 
 
 		 209 aa  51.6  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  28.9 
 
 		 248 aa  51.2  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  39.44 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  43.9 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  31.58 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  25.93 
 
 		 360 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  25.93 
 
 		 360 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  26.74 
 
 		 362 aa  50.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  38.03 
 
 		 231 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  26.09 
 
 		 279 aa  50.1  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  27.22 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  38.03 
 
 		 246 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  41.67 
 
 		 229 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>