More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0276 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  100 
 
 		 220 aa  434  1e-121  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  60.18 
 
 		 226 aa  246  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  59.09 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  58.59 
 
 		 226 aa  229  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  54.81 
 
 		 232 aa  201  7e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  54.85 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  51.23 
 
 		 273 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  51.71 
 
 		 273 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  52.31 
 
 		 264 aa  196  3e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  50 
 
 		 276 aa  195  6e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  52.38 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  52.53 
 
 		 283 aa  192  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  51.43 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  55.61 
 
 		 224 aa  189  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  49.54 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  48.76 
 
 		 200 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  51.26 
 
 		 196 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  47.78 
 
 		 238 aa  149  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  45.36 
 
 		 197 aa  148  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  44.44 
 
 		 234 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  44.3 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  45.23 
 
 		 197 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  44.5 
 
 		 198 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  39.32 
 
 		 241 aa  134  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  36.89 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  43.15 
 
 		 260 aa  121  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  43.65 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  43.65 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  43.65 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  43.15 
 
 		 260 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  43.65 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  43.15 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  32.68 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  40.84 
 
 		 197 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  40.84 
 
 		 197 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  39.34 
 
 		 285 aa  112  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  32.37 
 
 		 247 aa  111  7.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  38.85 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  47.29 
 
 		 155 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  60.76 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  46.22 
 
 		 277 aa  97.1  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  59.49 
 
 		 259 aa  96.3  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  37.41 
 
 		 279 aa  91.3  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  36.87 
 
 		 247 aa  88.6  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  39.86 
 
 		 292 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  35.51 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  34.76 
 
 		 249 aa  85.5  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.91 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  33.67 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  36.13 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  33.18 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  42.59 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  44.57 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  33.04 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  35.81 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.59 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  37.71 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.12 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  31.07 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.65 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  33.16 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  39.07 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  32.2 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  32.44 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  36.23 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  33.11 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  34.23 
 
 		 444 aa  75.9  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  33.67 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.81 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  36.91 
 
 		 253 aa  75.1  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.16 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  34.84 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  34 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  34.64 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  28.84 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  32.96 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.52 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  30.14 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  33.65 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  33.93 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  35.33 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.73 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  35.15 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  35.15 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  32.02 
 
 		 569 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  38.85 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  36.27 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  32.11 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  32.32 
 
 		 260 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  30.48 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  33.33 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  30.41 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  38.46 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  34.84 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.48 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  43.18 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  43.18 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>