More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2304 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  100 
 
 		 203 aa  394  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  40.62 
 
 		 280 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  42.47 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  42.29 
 
 		 202 aa  135  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  41.18 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  41.29 
 
 		 202 aa  129  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0099  Rhomboid family protein  35.68 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.36939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  38.67 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0460  rhomboid-like protein  39.36 
 
 		 204 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0322234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3769  Rhomboid family protein  41.76 
 
 		 203 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0472391 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  37.93 
 
 		 208 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  38.5 
 
 		 202 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  39.09 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  40 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  39.44 
 
 		 230 aa  115  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  40.11 
 
 		 212 aa  115  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  40.56 
 
 		 206 aa  115  5e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1836  Rhomboid family protein  35.83 
 
 		 208 aa  114  6.9999999999999995e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.76231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3557  Rhomboid family protein  32.84 
 
 		 206 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  37.88 
 
 		 197 aa  99  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  42.25 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  32.02 
 
 		 237 aa  86.7  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  34.63 
 
 		 444 aa  84.7  7e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  40.72 
 
 		 220 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  36.63 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  34.97 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  35.96 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  32.96 
 
 		 284 aa  78.6  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  37.34 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  38.57 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  32.67 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  35.58 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  38.89 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  40.14 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.31 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  36.71 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  31.75 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  32.86 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  38.31 
 
 		 569 aa  74.7  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  38.31 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  38.73 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  33.33 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  37.25 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  37.27 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  38.78 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  31.98 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  35.03 
 
 		 246 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  36.77 
 
 		 264 aa  72  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  35.57 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  33.78 
 
 		 279 aa  71.6  0.000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  39.07 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.54 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  30 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  31.31 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  33.67 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  33.67 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  28.77 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  32.68 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  35.81 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  34.81 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  34.19 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  35.12 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  32.28 
 
 		 486 aa  68.2  0.00000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  36.25 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 487 aa  68.6  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  39.01 
 
 		 273 aa  68.6  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 487 aa  68.6  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  34.51 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  31.21 
 
 		 229 aa  68.2  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  32.32 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.61 
 
 		 554 aa  67.4  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  38.13 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  31.87 
 
 		 283 aa  67  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  33.8 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  35.33 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.59 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  34.46 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  33.49 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  34.84 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  34.44 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.13 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  31.71 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  34.63 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  37.42 
 
 		 221 aa  64.3  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  35.25 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  35.53 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.85 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  34.16 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  34.34 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  30.23 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  37.76 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.76 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  33.8 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  31.85 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  30.8 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  34.97 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  33.8 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>