298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4542 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  100 
 
 		 197 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  100 
 
 		 197 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  72.4 
 
 		 197 aa  260  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  53.81 
 
 		 198 aa  203  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  55.56 
 
 		 197 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  49.74 
 
 		 234 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  49.5 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  49.5 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  49.5 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  49.5 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  49.5 
 
 		 260 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  49.5 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  49.5 
 
 		 260 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  46.15 
 
 		 200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  51.03 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  44.22 
 
 		 220 aa  148  6e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  44 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  47.73 
 
 		 238 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  41.95 
 
 		 232 aa  137  7.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  49.35 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  41.92 
 
 		 228 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  42.41 
 
 		 220 aa  123  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  43.48 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  42.93 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  40.38 
 
 		 226 aa  115  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  53.62 
 
 		 155 aa  114  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  37.19 
 
 		 226 aa  115  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  40.76 
 
 		 283 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  41.85 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  40.98 
 
 		 273 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  41.53 
 
 		 276 aa  105  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  39.34 
 
 		 278 aa  102  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  36.31 
 
 		 241 aa  91.7  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  39.75 
 
 		 238 aa  90.9  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  27.16 
 
 		 247 aa  85.9  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  30.3 
 
 		 249 aa  84.7  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  36.93 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  34.75 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.14 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  36.73 
 
 		 252 aa  74.7  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  42.53 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  42.53 
 
 		 261 aa  71.6  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  32.14 
 
 		 231 aa  71.2  0.000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  38.41 
 
 		 227 aa  71.2  0.000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  30.39 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  32.99 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  31.82 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  33.96 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  36.23 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.05 
 
 		 263 aa  68.2  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  35.57 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  32.9 
 
 		 279 aa  68.2  0.00000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 215 aa  67.8  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  35.21 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  36.43 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  29.76 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.56 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.16 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.5 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.08 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  52.17 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  32.21 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  27.6 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  33.79 
 
 		 265 aa  64.7  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  34.95 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  33.5 
 
 		 232 aa  64.7  0.0000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.84 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  32.82 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  30.3 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  30.33 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.63 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  36.17 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  39.53 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32.88 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  36.24 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  38.57 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.34 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  30.11 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  45.88 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.11 
 
 		 224 aa  62  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  36.07 
 
 		 286 aa  62  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  31.65 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  31.51 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  34.31 
 
 		 206 aa  62  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  31.13 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  31.75 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  35.34 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  36.72 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.1 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.68 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  36.31 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  39.36 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  32.65 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>