178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3810 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  100 
 
 		 261 aa  521  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  51.34 
 
 		 259 aa  281  6.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  44.53 
 
 		 264 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  42.16 
 
 		 263 aa  191  1e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  43.7 
 
 		 277 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  37.97 
 
 		 241 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  37.27 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  40 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  34.34 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  58.23 
 
 		 226 aa  99.4  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  51.04 
 
 		 220 aa  99  7e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  60.76 
 
 		 220 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  48.96 
 
 		 220 aa  96.7  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  56.96 
 
 		 228 aa  95.9  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  58.23 
 
 		 226 aa  95.5  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  53.01 
 
 		 232 aa  92.8  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  56.04 
 
 		 283 aa  90.5  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  53.09 
 
 		 224 aa  88.6  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  56.47 
 
 		 276 aa  86.3  5e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  54.88 
 
 		 264 aa  85.5  9e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  53.75 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  57.14 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  42.06 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  51.22 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  54.55 
 
 		 273 aa  82.4  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  49.4 
 
 		 196 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  53.75 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  44.71 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  43.53 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  41.86 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  41.86 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  41.86 
 
 		 202 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  41.86 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  41.86 
 
 		 202 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  41.86 
 
 		 202 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  41.86 
 
 		 202 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  35.24 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  25.61 
 
 		 231 aa  67  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  27.05 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  24.8 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  46.75 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  26.18 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  42.53 
 
 		 197 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  42.53 
 
 		 197 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  27.62 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  37.04 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  24.38 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  48.08 
 
 		 342 aa  58.5  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  46.15 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  38.36 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  35.11 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  28.02 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  46.15 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  41.82 
 
 		 342 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  54.17 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  37.5 
 
 		 279 aa  52.8  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  37.23 
 
 		 284 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  35.62 
 
 		 483 aa  52.4  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  45.28 
 
 		 283 aa  52.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 205 aa  52  0.000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  41.1 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0788  Rhomboid family protein  41.57 
 
 		 288 aa  52  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  46.15 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  39.13 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  34.69 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  48.98 
 
 		 246 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1128  Rhomboid family protein  37.66 
 
 		 319 aa  51.2  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  33.33 
 
 		 625 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  42.86 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  43.33 
 
 		 519 aa  50.4  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  32.63 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  42.55 
 
 		 236 aa  49.7  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  46.27 
 
 		 362 aa  49.7  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  29.91 
 
 		 248 aa  49.3  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  35.29 
 
 		 232 aa  49.3  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  34.74 
 
 		 231 aa  48.9  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  35.64 
 
 		 155 aa  48.5  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.9 
 
 		 444 aa  48.9  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  37.7 
 
 		 396 aa  48.9  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  34.18 
 
 		 209 aa  48.5  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  35.11 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  35.11 
 
 		 246 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  46.94 
 
 		 504 aa  48.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  46.94 
 
 		 303 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  35.11 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  47.92 
 
 		 223 aa  48.5  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  44 
 
 		 369 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  31.88 
 
 		 625 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  30.19 
 
 		 211 aa  47.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  40.54 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  37.84 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  37.84 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  31.88 
 
 		 625 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  50 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.88 
 
 		 625 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  40 
 
 		 525 aa  47  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  30.56 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>