203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1320 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  100 
 
 
264 aa  518  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  85.48 
 
 
262 aa  394  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  73.52 
 
 
276 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  70.36 
 
 
264 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  72.91 
 
 
256 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  76.29 
 
 
279 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  80.86 
 
 
375 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  44.26 
 
 
266 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  40.39 
 
 
263 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  39.37 
 
 
263 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  35.64 
 
 
273 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  38.15 
 
 
263 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  36.25 
 
 
253 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  35.83 
 
 
253 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  34.29 
 
 
274 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  33.92 
 
 
273 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  36.33 
 
 
265 aa  135  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  34.58 
 
 
240 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  33.45 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  32.6 
 
 
273 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  34.29 
 
 
274 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  36.64 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  35.22 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  35.68 
 
 
226 aa  122  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  41.76 
 
 
256 aa  122  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  34.73 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  35.35 
 
 
218 aa  89.7  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.02 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.31 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.41 
 
 
263 aa  79.7  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  27.42 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  30.96 
 
 
246 aa  79  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  34.1 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  35.71 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  31.61 
 
 
220 aa  78.2  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  30.2 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  32.21 
 
 
231 aa  77  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  30.06 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  30.77 
 
 
227 aa  72  0.000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  31.36 
 
 
218 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  26.98 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  28.57 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  28.99 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  26.54 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  34.1 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  30.9 
 
 
215 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  30.95 
 
 
232 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  27.88 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  31.55 
 
 
284 aa  67.8  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  28.72 
 
 
247 aa  67  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  29.33 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  31.21 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  29.73 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  30.67 
 
 
225 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  34.15 
 
 
238 aa  65.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  31.4 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  32.5 
 
 
265 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  29.88 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  31.52 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  31.06 
 
 
238 aa  64.7  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  29.48 
 
 
237 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  41.24 
 
 
291 aa  64.7  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  32.37 
 
 
222 aa  64.7  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  28.75 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.75 
 
 
261 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  27.83 
 
 
224 aa  63.9  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  28.65 
 
 
222 aa  63.2  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3383  rhomboid family protein  30.14 
 
 
234 aa  62.8  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  31.31 
 
 
252 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  28.07 
 
 
236 aa  62  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  27.18 
 
 
362 aa  61.6  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  29.71 
 
 
221 aa  62  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  34.85 
 
 
234 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1084  rhomboid family protein  30.2 
 
 
225 aa  61.2  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0579357  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  29.48 
 
 
223 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  31.41 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  32.61 
 
 
211 aa  59.7  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  28.93 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  31.1 
 
 
243 aa  58.9  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  27.95 
 
 
273 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  30.61 
 
 
249 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  27.98 
 
 
248 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.72 
 
 
360 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.72 
 
 
360 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  27.78 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  31.35 
 
 
209 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  40.45 
 
 
197 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  29.08 
 
 
283 aa  57.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  32 
 
 
240 aa  56.6  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  32.14 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  28.21 
 
 
233 aa  56.6  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  29.03 
 
 
245 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  29.27 
 
 
260 aa  55.8  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  28.4 
 
 
249 aa  55.5  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  32.98 
 
 
264 aa  54.7  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  36.25 
 
 
279 aa  55.1  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  30.61 
 
 
211 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  27.17 
 
 
229 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  45.12 
 
 
260 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  27.75 
 
 
276 aa  54.3  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>