152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0720 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  100 
 
 		 256 aa  501  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  58.97 
 
 		 265 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  41.71 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  42.16 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  39.3 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  37.28 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  37.28 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  35.5 
 
 		 274 aa  105  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  40.85 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  39.43 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  38.24 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  41.67 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  36.81 
 
 		 266 aa  95.5  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  34.24 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  31.5 
 
 		 253 aa  92.4  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  40.15 
 
 		 375 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  31.5 
 
 		 253 aa  92.4  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  40.22 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  34.29 
 
 		 263 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  41.12 
 
 		 264 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  30.94 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  32 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  31.41 
 
 		 226 aa  85.9  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  30.06 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  41.46 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  47.44 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.25 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  41.35 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  46.84 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  31.71 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  49.37 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  40.91 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  37.63 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  40.51 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  44.44 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  44.3 
 
 		 228 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  39.53 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  38.46 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  41.77 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  40 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  40.51 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  42.25 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  39.01 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  40.43 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  33.72 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  44 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  37.18 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  37.21 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  37.97 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  37.18 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  39.74 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  44 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  27.91 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  36.63 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  33.7 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  38.16 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  40.79 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  33.73 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  34.09 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  36.05 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  37.36 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  38.46 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  34.82 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  39.47 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  37.84 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  40 
 
 		 483 aa  55.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  29.24 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  38.82 
 
 		 291 aa  54.7  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  28.82 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  34.15 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  41.82 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  26.88 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  40.26 
 
 		 241 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  30.11 
 
 		 511 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 281 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  35.44 
 
 		 279 aa  53.1  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  27.27 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 248 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  35.14 
 
 		 215 aa  52.4  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  26.59 
 
 		 236 aa  52  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  38.67 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  35.44 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  38.3 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  38.64 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.77 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  35.06 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  31.73 
 
 		 286 aa  50.1  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  37.5 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.95 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  40 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  38.55 
 
 		 207 aa  50.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  35.63 
 
 		 249 aa  50.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  38.75 
 
 		 220 aa  50.1  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  40 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  37.11 
 
 		 369 aa  50.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  37.33 
 
 		 247 aa  49.3  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  39.29 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  34.25 
 
 		 252 aa  48.9  0.00007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  35.82 
 
 		 238 aa  48.9  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>