More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0165 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  100 
 
 
292 aa  587  1e-167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  55.94 
 
 
286 aa  302  5.000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  53.05 
 
 
282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  46.99 
 
 
293 aa  236  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  46.5 
 
 
315 aa  236  4e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  47.6 
 
 
286 aa  229  3e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  45.83 
 
 
289 aa  228  6e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  45.49 
 
 
289 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  45.49 
 
 
289 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  43.98 
 
 
292 aa  227  2e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  45.11 
 
 
284 aa  209  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  42.91 
 
 
291 aa  205  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  43.6 
 
 
290 aa  204  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  46.3 
 
 
302 aa  201  9e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  53.27 
 
 
238 aa  200  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  45.14 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  40.26 
 
 
306 aa  196  5.000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  41.22 
 
 
287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  45.23 
 
 
279 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  39.76 
 
 
275 aa  177  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  36.42 
 
 
303 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  40.36 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  36.96 
 
 
303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  37.1 
 
 
359 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  36.2 
 
 
292 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  39.85 
 
 
298 aa  159  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  39.86 
 
 
298 aa  158  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  38.21 
 
 
306 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  36.33 
 
 
381 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  38.58 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  40.78 
 
 
278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  36.4 
 
 
274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  37.69 
 
 
317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  35.82 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  32.23 
 
 
356 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  33.09 
 
 
336 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  38.85 
 
 
201 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  38.96 
 
 
234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  39.29 
 
 
327 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  41.38 
 
 
271 aa  89.4  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.62 
 
 
365 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  32.35 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  32.37 
 
 
348 aa  84  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  38.85 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  32.16 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  37.25 
 
 
248 aa  79  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  34.03 
 
 
342 aa  79  0.00000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  32.75 
 
 
519 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  33.33 
 
 
342 aa  77  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  30.9 
 
 
511 aa  77  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  31.32 
 
 
371 aa  77  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.11 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  31.05 
 
 
198 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  30.53 
 
 
198 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  30.6 
 
 
240 aa  75.5  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.66 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  34.62 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  33.94 
 
 
228 aa  72.8  0.000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  28.18 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  38.35 
 
 
281 aa  70.5  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  33.33 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.56 
 
 
486 aa  69.3  0.00000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  32.07 
 
 
356 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  29.77 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  28.09 
 
 
389 aa  69.3  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  34.91 
 
 
200 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.91 
 
 
228 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  35.03 
 
 
230 aa  68.2  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  27.04 
 
 
396 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  28.97 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  35.16 
 
 
197 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  32.69 
 
 
283 aa  67  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  28.16 
 
 
279 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  35.76 
 
 
286 aa  66.6  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  23.49 
 
 
362 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  32.9 
 
 
360 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  31.79 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.85 
 
 
358 aa  65.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  29.17 
 
 
487 aa  65.9  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  29.17 
 
 
487 aa  65.9  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  33.76 
 
 
360 aa  65.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  31.28 
 
 
220 aa  65.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  30.7 
 
 
221 aa  65.1  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  33.33 
 
 
196 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  28.63 
 
 
523 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  28.44 
 
 
222 aa  64.3  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  26.34 
 
 
245 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  33.76 
 
 
360 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  29.07 
 
 
237 aa  63.5  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  29.56 
 
 
554 aa  63.5  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.11 
 
 
236 aa  63.5  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  32.64 
 
 
226 aa  63.2  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  30.82 
 
 
232 aa  62.8  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  27.41 
 
 
207 aa  62.8  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  34.42 
 
 
235 aa  62.8  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  34.42 
 
 
235 aa  62.8  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  30.77 
 
 
284 aa  62.8  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  28.93 
 
 
579 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  34.92 
 
 
515 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  31.32 
 
 
223 aa  62.4  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>