More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_0013 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  100 
 
 		 293 aa  587  1e-166  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  80.81 
 
 		 292 aa  467  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  56.93 
 
 		 282 aa  276  4e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  54.31 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  51.72 
 
 		 286 aa  259  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  46.99 
 
 		 292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  47.67 
 
 		 286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  46.92 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  46.53 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  46.53 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  46.18 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  47.71 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  53.88 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  43.66 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  47.92 
 
 		 278 aa  198  7e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  42.69 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  43.49 
 
 		 284 aa  193  3e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  40.51 
 
 		 359 aa  192  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  42.27 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  45.25 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  42.71 
 
 		 290 aa  188  7e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  43.08 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  44.49 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  42.41 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  43.43 
 
 		 279 aa  186  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  40.62 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  42.28 
 
 		 275 aa  175  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  40.41 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  40.86 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  38.8 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  42.96 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  37.76 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  34.66 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  36.5 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  35.14 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  38.14 
 
 		 274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  44.37 
 
 		 201 aa  108  8.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  37.64 
 
 		 234 aa  103  3e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  37.68 
 
 		 327 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  38.41 
 
 		 376 aa  88.6  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  36.65 
 
 		 386 aa  85.9  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  38.56 
 
 		 348 aa  85.9  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  34.52 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  43.26 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  37.96 
 
 		 342 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  42.14 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  37.23 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  36.17 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  35.8 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  35 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  32.79 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  33.56 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  32.62 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  39.29 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.5 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  40.46 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  37.41 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  40.94 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  28.35 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  34.3 
 
 		 511 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  34.02 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  33.55 
 
 		 227 aa  71.6  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  38.36 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.52 
 
 		 486 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  38.3 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  34.66 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  31.91 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  36.84 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  37.11 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  44.55 
 
 		 209 aa  68.9  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  31.75 
 
 		 231 aa  68.9  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0917  rhomboid family protein  38.17 
 
 		 177 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 487 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  37.11 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  31.63 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 487 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  34.04 
 
 		 225 aa  67  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  34.53 
 
 		 444 aa  67  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.66 
 
 		 569 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  39.01 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  38.57 
 
 		 371 aa  65.9  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  25.99 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  35.77 
 
 		 523 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  31.95 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  32.62 
 
 		 190 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  32.62 
 
 		 190 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.86 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 200 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  31.91 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  29.95 
 
 		 579 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  34.84 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  31.16 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.53 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.53 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  32.56 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>