More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1613 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1613  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 126 aa  259  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0395666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3767  regulatory protein, LuxR  86.52 
 
 		 89 aa  157  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 556 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2191  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 374 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.218442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  51.67 
 
 		 207 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 550 aa  57.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1758  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1687  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  44.07 
 
 		 376 aa  57  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3765  LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  55.56 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 506 aa  55.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  60.42 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  54.24 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  44.64 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2334  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.477601  normal  0.267999 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  45 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3664  regulatory protein, LuxR  39.29 
 
 		 215 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 235 aa  54.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  46.27 
 
 		 243 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 212 aa  53.9  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 202 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  50 
 
 		 204 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4163  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 208 aa  53.5  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296115  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 194 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.32 
 
 		 211 aa  53.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 219 aa  52.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 191 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 209 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  42.86 
 
 		 219 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 213 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  47.06 
 
 		 220 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1820  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 216 aa  52  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.677493  normal  0.0923177 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  60.42 
 
 		 210 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 217 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4001  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 236 aa  52  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0749  transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 500 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3421  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.18 
 
 		 204 aa  51.6  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 232 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3452  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 		 221 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.413638  normal  0.532331 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  52.73 
 
 		 229 aa  51.2  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2913  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 356 aa  51.2  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000129888  hitchhiker  0.0000689146 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  46.3 
 
 		 215 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.1 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1854  transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 226 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 206 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 260 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 207 aa  51.2  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  41.67 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.33 
 
 		 913 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1468  transcriptional regulator, LuxR family protein  43.86 
 
 		 356 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.468229  hitchhiker  0.0000161531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  46.3 
 
 		 216 aa  51.2  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  50.8  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 197 aa  51.2  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2318  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 151 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.86 
 
 		 216 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 255 aa  50.8  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 209 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 227 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 201 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 221 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 216 aa  50.8  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 228 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  50.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 221 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  41.67 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 240 aa  50.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 190 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 245 aa  50.4  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38420  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  39.47 
 
 		 226 aa  50.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 211 aa  50.8  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 391 aa  50.4  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 211 aa  50.8  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 221 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  50 
 
 		 213 aa  50.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 191 aa  50.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3337  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 254 aa  50.8  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0952095  normal  0.130531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 221 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3680  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 223 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.233635 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  37.5 
 
 		 248 aa  50.8  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2430  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 223 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 249 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  44.23 
 
 		 222 aa  50.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>