More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3452 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3452  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.413638  normal  0.532331 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5968  putative PAS/PAC sensor protein  45.95 
 
 		 622 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.155545 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.87 
 
 		 946 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.14 
 
 		 768 aa  98.2  9e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 		 1763 aa  85.1  8e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  37.93 
 
 		 1589 aa  82.4  0.000000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0181  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 		 837 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.415169  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 732 aa  82  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0144  putative PAS/PAC sensor protein  38.53 
 
 		 433 aa  82  0.000000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 932 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  33.33 
 
 		 419 aa  80.9  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.538878  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.33 
 
 		 1094 aa  79.3  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 		 1765 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 		 769 aa  77.8  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1786 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1792 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1782 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1784 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 1139 aa  76.3  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1767 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0443  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 		 465 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1767 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1767 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  31.29 
 
 		 509 aa  73.2  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 1291 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1771 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  36.36 
 
 		 1765 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1768 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.25 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.7 
 
 		 1072 aa  68.9  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  35.4 
 
 		 1076 aa  68.6  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1892  putative PAS/PAC sensor protein  33.03 
 
 		 632 aa  68.6  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.487702  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  53.03 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5613  transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 764 aa  65.1  0.0000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 		 711 aa  64.7  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1762  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 		 830 aa  64.7  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 969 aa  64.3  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 		 714 aa  62.4  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  50 
 
 		 243 aa  61.6  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6585  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  32.73 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 		 658 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  56.6 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.56 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  50.91 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5649  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  32.73 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0906449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  50.91 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  50.91 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  51.56 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  48.33 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  48.33 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  46.38 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  57.14 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  30.36 
 
 		 694 aa  57.8  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  50.88 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  50 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6192  two component LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446565  normal  0.0472092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2194  transcriptional regulator, LuxR family  49.3 
 
 		 937 aa  58.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  50.88 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  55.93 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  41.54 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.57 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4598  two component LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25060  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.89 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.444591  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2334  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.477601  normal  0.267999 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 303 aa  57  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  52 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0253  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.56 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  47.37 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  41.54 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.71 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0324  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 938 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 1078 aa  56.6  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  45.9 
 
 		 960 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  42.62 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>