More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_48892 on replicon NC_011687
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011687  PHATRDRAFT_48892  predicted protein  100 
 
 
485 aa  1008    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.301331  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44327  predicted protein  40.11 
 
 
391 aa  286  5e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 
413 aa  77.4  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  24.82 
 
 
373 aa  77  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  24.06 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  22.13 
 
 
384 aa  74.7  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  26.91 
 
 
567 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  26.11 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  26.8 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 
569 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  27.45 
 
 
289 aa  68.9  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  23.87 
 
 
391 aa  69.3  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  27.88 
 
 
365 aa  69.3  0.0000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0571  MscS Mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000639441  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  27.32 
 
 
399 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  24.75 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04171  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  23.83 
 
 
370 aa  67.4  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.610357 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  22.46 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  23.87 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  23.87 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  23.87 
 
 
343 aa  67  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  23.72 
 
 
343 aa  67  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  23.87 
 
 
343 aa  67  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.46 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  25.88 
 
 
614 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  28.12 
 
 
534 aa  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 
562 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  28.72 
 
 
533 aa  65.1  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 
283 aa  63.5  0.000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 
357 aa  63.5  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 
400 aa  63.2  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3051  MscS mechanosensitive ion channel  23.81 
 
 
285 aa  63.2  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0787633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  22.51 
 
 
378 aa  62.4  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  26.46 
 
 
543 aa  61.2  0.00000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  24.15 
 
 
287 aa  61.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  24.23 
 
 
388 aa  60.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.47 
 
 
380 aa  60.5  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  24.23 
 
 
298 aa  59.7  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  24.76 
 
 
240 aa  59.7  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  25.14 
 
 
354 aa  58.9  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  24.08 
 
 
280 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  31.39 
 
 
344 aa  59.3  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  32.73 
 
 
356 aa  58.9  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 
345 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 
300 aa  58.5  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 
492 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
424 aa  58.2  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 
358 aa  57.8  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 
298 aa  57  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 
563 aa  56.6  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  25.49 
 
 
335 aa  56.6  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  22.94 
 
 
344 aa  56.6  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 
492 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 
570 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 
563 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  27.48 
 
 
682 aa  56.2  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 
542 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  22 
 
 
383 aa  56.2  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  25.13 
 
 
381 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2109  MscS Mechanosensitive ion channel  24.41 
 
 
306 aa  55.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 
351 aa  55.8  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 
508 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25 
 
 
493 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  24.1 
 
 
383 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 
351 aa  54.7  0.000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 
338 aa  55.1  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2396  MscS mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 
283 aa  55.1  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000120764  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.23 
 
 
506 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  32.81 
 
 
292 aa  55.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 
279 aa  54.7  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0104  hypothetical protein  21.95 
 
 
280 aa  54.3  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0511133  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  26.22 
 
 
339 aa  54.7  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1226  MscS Mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 
569 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1197  MscS Mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 
569 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 
485 aa  54.7  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  22.51 
 
 
345 aa  54.7  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  26.21 
 
 
348 aa  54.3  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 
351 aa  54.3  0.000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
308 aa  54.3  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 
475 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 
289 aa  53.9  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.15 
 
 
289 aa  53.9  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.15 
 
 
289 aa  53.9  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 
475 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.93 
 
 
489 aa  53.5  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  31.11 
 
 
537 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
475 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  26.91 
 
 
279 aa  53.1  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  28.81 
 
 
302 aa  52.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
674 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 
456 aa  53.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.837868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>