More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3539 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3539  Na+/solute symporter  100 
 
 		 471 aa  937    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0326627  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0645  Na+/solute symporter  84.75 
 
 		 472 aa  819    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.646028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3710  Na+/solute symporter  97.66 
 
 		 471 aa  922    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0688  Na+/solute symporter  80.85 
 
 		 471 aa  790    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.217002  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6434  Na+/solute symporter  59.57 
 
 		 473 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00922487 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8130  Na+/solute symporter  62.61 
 
 		 474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580887  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5962  Na+/solute symporter  59.82 
 
 		 472 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1533  Na+/solute symporter  58.94 
 
 		 472 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6296  Na+/solute symporter  58.94 
 
 		 472 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.957255  normal  0.770519 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6955  Na+/solute symporter  58.72 
 
 		 472 aa  551  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.269545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0563  Na+/solute symporter  58.32 
 
 		 476 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.379209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4721  Na+/solute symporter  34.79 
 
 		 463 aa  301  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3294  Na+/solute symporter  34.36 
 
 		 469 aa  298  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1298  Na+/solute symporter  34.81 
 
 		 472 aa  292  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.537823 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1333  Na+/solute symporter  25.39 
 
 		 466 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000174463  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2163  Na+/solute symporter  26.35 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1525  Na+/solute symporter  25.2 
 
 		 475 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  24.44 
 
 		 472 aa  103  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0378  sodium:solute symporter  22.86 
 
 		 461 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  26.28 
 
 		 474 aa  101  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1796  Na+/solute symporter  26.44 
 
 		 483 aa  97.4  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000417622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03760  putative sodium:solute symporter  23.33 
 
 		 461 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.188515  normal  0.0159939 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0688  Na+/solute symporter  27.61 
 
 		 464 aa  90.5  6e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1337  Na+/solute symporter  25 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.833142  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.64 
 
 		 533 aa  87.4  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5121  Na+/solute symporter  25.52 
 
 		 462 aa  85.1  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06350  hypothetical protein  26.61 
 
 		 506 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2710  Na+/solute symporter  25.36 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.308556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  22.92 
 
 		 530 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3816  Na+/solute symporter  21.75 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.101715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4524  Na+/solute symporter  22.07 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4030  Na+/solute symporter  23.46 
 
 		 459 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110038  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1387  Na+/solute symporter  22.07 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.557678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  23.74 
 
 		 459 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4898  solute/sodium symporter (SSS) family protein  26.51 
 
 		 489 aa  77  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2709  Na+/solute symporter  22.8 
 
 		 483 aa  77  0.0000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2070  Na+/solute symporter  22.94 
 
 		 489 aa  73.9  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46110  putative sodium:solute symport protein  24.91 
 
 		 463 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0497302  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3921  sodium:solute symport protein  24.91 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0491  SSS sodium solute transporter superfamily  21.54 
 
 		 509 aa  72.8  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0375697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.26 
 
 		 520 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.736166  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2906  Na+/solute symporter  26.05 
 
 		 463 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0324  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.78 
 
 		 567 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1057  Na+/solute symporter  23.28 
 
 		 476 aa  71.2  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.216268  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0041  sodium/pantothenate symporter  20.94 
 
 		 468 aa  70.9  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.3030600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1074  SSS sodium solute transporter superfamily  22.97 
 
 		 520 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.729495  normal  0.0148232 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0801  SSS sodium solute transporter superfamily  25.81 
 
 		 487 aa  70.9  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00679  sodium/glucose cotransport protein  23.08 
 
 		 592 aa  70.5  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0305497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.22 
 
 		 522 aa  70.5  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135189  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  22.41 
 
 		 523 aa  70.1  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  25.63 
 
 		 483 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  22.86 
 
 		 537 aa  68.9  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0575  Na+/solute symporter  23 
 
 		 479 aa  68.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000227559  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3840  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.17 
 
 		 523 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.455986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1817  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.91 
 
 		 484 aa  67  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1285  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.33 
 
 		 522 aa  67.4  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0126503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0846  Na+/solute symporter  21.77 
 
 		 507 aa  66.6  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2325  Na+/solute symporter  24.87 
 
 		 489 aa  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00258865  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0122  Na+/solute symporter  23.21 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00309864  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0422  Na+/solute symporter  20.48 
 
 		 476 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.273483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0924  twin-arginine translocation pathway signal  20.8 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.839391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1620  Na+/solute symporter  21.89 
 
 		 460 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0163738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54150  sodium/proline symporter PutP  21.74 
 
 		 506 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4736  sodium/proline symporter PutP  21.74 
 
 		 506 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.865445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0835  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.55 
 
 		 522 aa  64.7  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.172463  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2949  Na+/solute symporter  22.06 
 
 		 500 aa  64.7  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0128221  hitchhiker  0.000189844 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0089  Na+/solute symporter  23.43 
 
 		 496 aa  64.7  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000762337  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0522  sodium/proline symporter  22.31 
 
 		 492 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550728  normal  0.0854838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1090  sodium/glucose cotransport protein  21.78 
 
 		 520 aa  63.5  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.133382 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3386  sodium/proline symporter  24.23 
 
 		 484 aa  63.2  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2929  acetate permease  21.37 
 
 		 561 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.984405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2791  acetate permease  21.37 
 
 		 561 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.836123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0964  Na+/solute symporter  22.84 
 
 		 508 aa  62  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1898  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  21.89 
 
 		 514 aa  62  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0552  sodium/pantothenate symporter  21.61 
 
 		 482 aa  62.4  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6216  acetate permease  20.78 
 
 		 564 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3406  Na+/solute symporter  22.01 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0255  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  21.25 
 
 		 542 aa  62.4  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4206  Na+/solute symporter  23.81 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153775  normal  0.0109856 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00590  Sodium:solute symporter  22.95 
 
 		 460 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000130807  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3696  sodium/panthothenate symporter  22.52 
 
 		 483 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2570  Na+/solute symporter  21.8 
 
 		 464 aa  61.6  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000435173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2885  acetate permease  21.37 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.360969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0718  Na+/solute symporter  25.74 
 
 		 486 aa  61.6  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07099  hypothetical protein  22.52 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0882  Na+/solute symporter  25.64 
 
 		 500 aa  61.2  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.984718  normal  0.413071 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2260  acetate permease  21.37 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.081454  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0649  Na+/solute symporter  23.06 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.374818  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2874  acetate permease  21.37 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0662  Na+/solute symporter  23.06 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2086  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.97 
 
 		 520 aa  61.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0453  Sodium/proline symporter  20.93 
 
 		 494 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0815  Na+/solute symporter  24.23 
 
 		 507 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215377  normal  0.569371 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1777  sodium/solute symporter family protein  24.26 
 
 		 516 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0507  Na+/solute symporter  21.8 
 
 		 519 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2286  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  22.66 
 
 		 519 aa  60.5  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1330  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.96 
 
 		 516 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.892115  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  23.77 
 
 		 557 aa  60.5  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  21.93 
 
 		 565 aa  60.1  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3347  putative osmoregulated proline transporter  21.68 
 
 		 486 aa  60.1  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>