More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4030 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1387  Na+/solute symporter  97.17 
 
 		 459 aa  860    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.557678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4524  Na+/solute symporter  97.17 
 
 		 459 aa  860    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  83.41 
 
 		 459 aa  747    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4030  Na+/solute symporter  100 
 
 		 459 aa  905    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110038  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3921  sodium:solute symport protein  74.3 
 
 		 463 aa  663    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3816  Na+/solute symporter  94.34 
 
 		 459 aa  820    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.101715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46110  putative sodium:solute symport protein  74.73 
 
 		 463 aa  666    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0497302  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5121  Na+/solute symporter  71.84 
 
 		 462 aa  633  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0378  sodium:solute symporter  56.7 
 
 		 461 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1620  Na+/solute symporter  58.76 
 
 		 460 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0163738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03760  putative sodium:solute symporter  57.08 
 
 		 461 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.188515  normal  0.0159939 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2906  Na+/solute symporter  54.42 
 
 		 463 aa  419  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2949  Na+/solute symporter  45.84 
 
 		 500 aa  392  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0128221  hitchhiker  0.000189844 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0575  Na+/solute symporter  48.56 
 
 		 479 aa  384  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000227559  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0964  Na+/solute symporter  46.3 
 
 		 508 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0846  Na+/solute symporter  46.09 
 
 		 507 aa  362  1e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  41.2 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04330  Na+/proline symporter  46.99 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.723621  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2709  Na+/solute symporter  39.65 
 
 		 483 aa  338  9.999999999999999e-92  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  33.01 
 
 		 474 aa  206  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1796  Na+/solute symporter  29.09 
 
 		 483 aa  195  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000417622  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  31.03 
 
 		 483 aa  178  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1057  Na+/solute symporter  29.74 
 
 		 476 aa  171  2e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.216268  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00590  Sodium:solute symporter  32.39 
 
 		 460 aa  167  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000130807  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0801  SSS sodium solute transporter superfamily  30.24 
 
 		 487 aa  160  5e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3347  putative osmoregulated proline transporter  27.73 
 
 		 486 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1817  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.39 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0924  twin-arginine translocation pathway signal  28.82 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.839391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2710  Na+/solute symporter  29.91 
 
 		 462 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.308556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4125  Na+/solute symporter  29.21 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0765871  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5240  Na+/solute symporter  27.97 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0041  sodium/pantothenate symporter  28.24 
 
 		 468 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.3030600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06350  hypothetical protein  27.99 
 
 		 506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0718  Na+/solute symporter  27.12 
 
 		 486 aa  130  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1333  Na+/solute symporter  29.1 
 
 		 466 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000174463  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5457  Na+/solute symporter  26.48 
 
 		 482 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.692749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0800  Na+/solute symporter  26.46 
 
 		 483 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0882  Na+/solute symporter  27.46 
 
 		 500 aa  125  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.984718  normal  0.413071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0871  Na+/solute symporter  26.46 
 
 		 482 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.857902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0122  Na+/solute symporter  26.25 
 
 		 449 aa  124  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00309864  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2570  Na+/solute symporter  25.16 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000435173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1952  Na+/solute symporter  26.55 
 
 		 638 aa  123  5e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4206  Na+/solute symporter  27.65 
 
 		 490 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153775  normal  0.0109856 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0864  hypothetical protein  27.33 
 
 		 524 aa  120  3e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.983965  normal  0.0488094 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0355  Na+/solute symporter  27.31 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0375  Na+/solute symporter  28.21 
 
 		 478 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.197469 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0436  Na+/solute symporter  28.21 
 
 		 478 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1289  sodium/proline symporter family protein  28.42 
 
 		 492 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000753427  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2388  SSS sodium solute transporter superfamily  28.25 
 
 		 551 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0463  sodium/solute symporter transmembrane protein  27.08 
 
 		 479 aa  118  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0353  Na+/solute symporter  27.15 
 
 		 479 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.04 
 
 		 533 aa  117  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0367  Na+/solute symporter  28.47 
 
 		 446 aa  117  6e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.101074  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0309  Na+/solute symporter  25.65 
 
 		 510 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4721  Na+/solute symporter  27.13 
 
 		 463 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1298  Na+/solute symporter  28.88 
 
 		 472 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.537823 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4055  sodium/proline symporter family protein  27.7 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000025968  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3448  Na+/solute symporter  29.32 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3516  sodium/proline symporter  26.97 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1525  Na+/solute symporter  25 
 
 		 475 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3904  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  25.05 
 
 		 526 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.757586 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1142  sodium/proline symporter  27.73 
 
 		 492 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000269484  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4155  Na+/solute symporter  25.58 
 
 		 515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.128874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3406  Na+/solute symporter  24.5 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183888  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1353  sodium/proline symporter family protein  27.48 
 
 		 492 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000718577  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1128  sodium/proline symporter; osmoregulated proline transporter  27.33 
 
 		 492 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000418657  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3294  Na+/solute symporter  28.19 
 
 		 469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3386  sodium/proline symporter  27.59 
 
 		 484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1391  sodium/proline symporter family protein  27.33 
 
 		 492 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000288563  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1154  sodium/proline symporter family protein  27.33 
 
 		 492 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000094389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1246  sodium/proline symporter family protein  27.33 
 
 		 492 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000709794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1134  sodium/proline symporter; osmoregulated proline transporter  27.12 
 
 		 492 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000164333  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0949  sodium/proline symporter  27.69 
 
 		 488 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000419009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1314  sodium/proline symporter family protein  27.12 
 
 		 492 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.01893e-22 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1041  hypothetical protein  26.7 
 
 		 485 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.880803 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0695  Na+/solute symporter  25 
 
 		 492 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4898  solute/sodium symporter (SSS) family protein  26.91 
 
 		 489 aa  110  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3844  sodium/panthothenate symporter  26.39 
 
 		 483 aa  110  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3191  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.25 
 
 		 504 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.205305  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0338  Na+/solute symporter  25.4 
 
 		 479 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1264  sodium:proline symporter (proline permease)  24.66 
 
 		 639 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  26.47 
 
 		 523 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3696  sodium/panthothenate symporter  27.62 
 
 		 483 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1440  proline permease  26.76 
 
 		 511 aa  108  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0406998  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0212  sodium/solute symporter  26.1 
 
 		 475 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.200787 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3355  Na+/solute symporter  28.21 
 
 		 517 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0089  Na+/solute symporter  26.76 
 
 		 496 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000762337  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0240  sodium/panthothenate symporter  27.56 
 
 		 483 aa  106  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0244  sodium/panthothenate symporter  27.51 
 
 		 483 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  26.54 
 
 		 530 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  24.4 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0688  Na+/solute symporter  24.51 
 
 		 471 aa  104  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.217002  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2308  sodium/proline symporter  25.51 
 
 		 492 aa  104  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.591948  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6434  Na+/solute symporter  25.35 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00922487 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.41 
 
 		 565 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3331  sodium/proline symporter  25.21 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.825412  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1156  sodium/proline symporter  29.4 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.307204  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2163  Na+/solute symporter  25.77 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233045 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3673  sodium/proline symporter family protein  25.41 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.257529  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1038  hypothetical protein  26.89 
 
 		 487 aa  102  2e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>