More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3718 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3718  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 616 aa  1265    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3814  TPR repeat-containing protein  92.86 
 
 		 615 aa  1164    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3375  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.1 
 
 		 306 aa  182  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.110631  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3337  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 		 361 aa  169  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3823  glycosyl transferase family 2  27.92 
 
 		 1523 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.588357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3376  glycosyl transferase family 2  37.68 
 
 		 669 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3740  glycosyl transferase family 2  27.42 
 
 		 1523 aa  151  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0378  glycosyl transferase family protein  33.01 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  29.64 
 
 		 1676 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.58 
 
 		 878 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.26 
 
 		 810 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.44 
 
 		 3145 aa  92.8  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.8 
 
 		 988 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.78 
 
 		 1056 aa  87.4  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 		 827 aa  87  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  28.42 
 
 		 847 aa  87  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 762 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 		 808 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  28.83 
 
 		 725 aa  82.4  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1852  glycosyl transferase family 2  30.39 
 
 		 825 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2419  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 		 792 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0484292  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.94 
 
 		 1056 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  27.42 
 
 		 837 aa  78.2  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.74 
 
 		 632 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 		 685 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 909 aa  77  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  27.92 
 
 		 1252 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.02 
 
 		 1022 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1096  sulfotransferase  24.32 
 
 		 1764 aa  74.7  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  27.51 
 
 		 573 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  26.64 
 
 		 706 aa  74.3  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 1406 aa  74.3  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.82 
 
 		 689 aa  74.3  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  24.4 
 
 		 3172 aa  73.9  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  24.83 
 
 		 3301 aa  73.2  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  27.56 
 
 		 1252 aa  72.8  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7095  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.52 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.524118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.95 
 
 		 818 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0911  TPR domain-containing protein  29.28 
 
 		 714 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  28 
 
 		 676 aa  72.4  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 681 aa  71.6  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.26 
 
 		 784 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  28.63 
 
 		 423 aa  71.2  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3023  glycosyl transferase, group 1/2 family protein  24.19 
 
 		 2401 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  25.56 
 
 		 795 aa  70.9  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 		 566 aa  70.5  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  24.76 
 
 		 587 aa  69.7  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  24.76 
 
 		 1138 aa  69.7  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  23.57 
 
 		 597 aa  70.1  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 362 aa  69.3  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  24.08 
 
 		 732 aa  69.7  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  27.15 
 
 		 2262 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4282  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 715 aa  69.3  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.48 
 
 		 2240 aa  68.6  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1870  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 686 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2549  hypothetical protein  25.89 
 
 		 577 aa  68.2  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 		 718 aa  67.8  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2405  hypothetical protein  25.89 
 
 		 577 aa  67.8  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 		 767 aa  67.8  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  23.75 
 
 		 1154 aa  67.8  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  25.31 
 
 		 875 aa  67.4  0.0000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  27.5 
 
 		 340 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  24.25 
 
 		 1737 aa  67  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  27.69 
 
 		 594 aa  67  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  25.69 
 
 		 637 aa  66.2  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  24.92 
 
 		 927 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  27.17 
 
 		 543 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  25.16 
 
 		 562 aa  65.9  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  35.59 
 
 		 374 aa  65.1  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1633  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.81 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000383939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  28.29 
 
 		 714 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  25.74 
 
 		 545 aa  64.3  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1578  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.9 
 
 		 602 aa  64.3  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000346283  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  23.31 
 
 		 681 aa  63.5  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1350  TPR repeat-containing protein  26.72 
 
 		 766 aa  63.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  27.41 
 
 		 879 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  24.66 
 
 		 594 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  27.14 
 
 		 395 aa  62.8  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 		 828 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  30.99 
 
 		 789 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2537  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.75 
 
 		 850 aa  62.8  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1745  TPR repeat-containing protein  26.85 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 		 828 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2347  glycosyl transferase family 2  27.69 
 
 		 1562 aa  62  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2921  TPR repeat-containing protein  34.12 
 
 		 190 aa  62  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3556  TPR repeat-containing protein  31.1 
 
 		 291 aa  62  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.276509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2203  TPR repeat-containing protein  24.19 
 
 		 331 aa  62.4  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  25.91 
 
 		 1421 aa  62  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3747  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 		 1005 aa  62.4  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28721  hypothetical protein  24.32 
 
 		 706 aa  61.6  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 754 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  24.7 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  27.7 
 
 		 622 aa  61.6  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  27.83 
 
 		 703 aa  62  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  26.5 
 
 		 816 aa  61.6  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 968 aa  61.2  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0319  TPR repeat-containing protein  23.71 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0540059  normal  0.098872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3831  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.03 
 
 		 1034 aa  60.8  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0133068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 		 713 aa  60.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>