283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5735 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
237 aa  471  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.22 
 
 
243 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.52 
 
 
262 aa  152  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  40.17 
 
 
254 aa  151  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  42.34 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.74 
 
 
247 aa  140  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  37.72 
 
 
228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.01 
 
 
238 aa  135  7.000000000000001e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.08 
 
 
259 aa  134  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  35.83 
 
 
236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.59 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.44 
 
 
226 aa  131  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  37.77 
 
 
250 aa  131  7.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  38.46 
 
 
238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.87 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.78 
 
 
277 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  29.02 
 
 
259 aa  95.5  7e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.91 
 
 
256 aa  72  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.92 
 
 
257 aa  72  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.82 
 
 
258 aa  71.2  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  35.03 
 
 
236 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.59 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
921 aa  66.6  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.05 
 
 
1397 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
530 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  27.78 
 
 
258 aa  63.5  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  24.85 
 
 
1433 aa  61.6  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
250 aa  60.1  0.00000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.92 
 
 
722 aa  60.1  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  27.38 
 
 
1437 aa  60.1  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
453 aa  59.7  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.54 
 
 
230 aa  59.7  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3263  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 
550 aa  59.3  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.72 
 
 
243 aa  58.9  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  29.07 
 
 
530 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  27.03 
 
 
299 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.41 
 
 
328 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 
203 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  26.9 
 
 
283 aa  57.4  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.06 
 
 
236 aa  57.4  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  25.14 
 
 
184 aa  57  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.73 
 
 
204 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.65 
 
 
217 aa  56.2  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.97 
 
 
481 aa  56.2  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
243 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  27.38 
 
 
1443 aa  55.8  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  30.95 
 
 
259 aa  55.8  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
328 aa  55.5  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
706 aa  55.1  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 
565 aa  54.7  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 
956 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.92 
 
 
205 aa  54.7  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.98 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  27.23 
 
 
227 aa  55.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
226 aa  53.9  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  24.85 
 
 
1447 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 
204 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.44 
 
 
196 aa  53.9  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  24.26 
 
 
1426 aa  53.9  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.7 
 
 
864 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3681  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.03 
 
 
200 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.74 
 
 
270 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.45 
 
 
1442 aa  54.3  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  28.05 
 
 
1437 aa  54.3  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.33 
 
 
342 aa  53.5  0.000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
232 aa  53.5  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.43 
 
 
707 aa  53.5  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 
208 aa  53.5  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
498 aa  53.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.91 
 
 
190 aa  53.1  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
210 aa  52.4  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.77 
 
 
731 aa  52.4  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.71 
 
 
215 aa  52.4  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
238 aa  52  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
234 aa  52  0.000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
214 aa  52  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
242 aa  51.6  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  33.15 
 
 
333 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
233 aa  51.2  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 
234 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  22.7 
 
 
177 aa  51.2  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  25.6 
 
 
315 aa  50.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.64 
 
 
237 aa  50.8  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.82 
 
 
929 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 
186 aa  50.4  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 
186 aa  50.8  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.49 
 
 
230 aa  50.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.1 
 
 
242 aa  50.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.48 
 
 
203 aa  50.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>