More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1888 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
328 aa  680    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.92 
 
 
269 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.65 
 
 
270 aa  311  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  55.17 
 
 
283 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.93 
 
 
257 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.55 
 
 
258 aa  299  4e-80  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  54.17 
 
 
258 aa  299  5e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52.65 
 
 
256 aa  296  4e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  52.63 
 
 
259 aa  285  1.0000000000000001e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 
232 aa  94.4  2e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.56 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  34.12 
 
 
551 aa  75.9  0.0000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 
453 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.16 
 
 
547 aa  74.7  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  38.89 
 
 
530 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.4 
 
 
481 aa  74.3  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.7 
 
 
530 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.09 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.48 
 
 
449 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  29.79 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.57 
 
 
470 aa  67.8  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  37.5 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.81 
 
 
240 aa  65.1  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.11 
 
 
392 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  30.25 
 
 
791 aa  65.1  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.1 
 
 
225 aa  64.3  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
944 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.45 
 
 
378 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.53 
 
 
395 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.75 
 
 
456 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
715 aa  63.9  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.2 
 
 
231 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  31.9 
 
 
1365 aa  63.2  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.45 
 
 
398 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.96 
 
 
240 aa  63.5  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.86 
 
 
232 aa  63.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
238 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
342 aa  62.8  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.2 
 
 
231 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  38 
 
 
217 aa  62  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 
375 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.22 
 
 
232 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.71 
 
 
240 aa  61.2  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.53 
 
 
383 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
375 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  31.46 
 
 
254 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 
242 aa  60.8  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
453 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
238 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  34.26 
 
 
379 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.56 
 
 
462 aa  60.8  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  29.57 
 
 
457 aa  60.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 
239 aa  60.5  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.54 
 
 
242 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.54 
 
 
242 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
242 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 
239 aa  60.1  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 
236 aa  59.7  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 
459 aa  59.7  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.85 
 
 
466 aa  59.7  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  34.26 
 
 
381 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 
442 aa  59.3  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  34.26 
 
 
381 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  34.26 
 
 
381 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  26.95 
 
 
1402 aa  58.5  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 
242 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
956 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
456 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.51 
 
 
238 aa  58.9  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  27.86 
 
 
574 aa  58.5  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  27.91 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.33 
 
 
1426 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.79 
 
 
463 aa  57.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.88 
 
 
584 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.96 
 
 
240 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.21 
 
 
242 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.34 
 
 
566 aa  58.2  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
595 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  36.44 
 
 
250 aa  57.4  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.86 
 
 
235 aa  57.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 
293 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
237 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.14 
 
 
714 aa  57.4  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.39 
 
 
300 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  36.52 
 
 
239 aa  57  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
479 aa  57  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  38 
 
 
230 aa  57.4  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.58 
 
 
1442 aa  56.6  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.42 
 
 
237 aa  56.6  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
201 aa  57  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
242 aa  56.6  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  37.14 
 
 
229 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 
230 aa  56.6  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 
237 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.71 
 
 
231 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>