More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_28650 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  100 
 
 
241 aa  484  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.64 
 
 
247 aa  273  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.19 
 
 
238 aa  270  2e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  56.19 
 
 
238 aa  241  5e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.44 
 
 
283 aa  226  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  44.1 
 
 
250 aa  169  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  37.39 
 
 
259 aa  156  3e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.29 
 
 
277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.7 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  43.84 
 
 
236 aa  152  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  42.34 
 
 
237 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  41.36 
 
 
228 aa  150  2e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.29 
 
 
295 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.01 
 
 
226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  39.25 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.86 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.62 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.88 
 
 
256 aa  86.3  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.83 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.51 
 
 
258 aa  82.4  0.000000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  29.38 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  32.26 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.79 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.63 
 
 
769 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  28.64 
 
 
283 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.84 
 
 
257 aa  65.5  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.65 
 
 
270 aa  65.5  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 
231 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  34.42 
 
 
245 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  32.29 
 
 
574 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  34.42 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.44 
 
 
530 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
231 aa  62  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.94 
 
 
392 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
225 aa  60.5  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 
498 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
659 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  35.95 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.98 
 
 
280 aa  59.7  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.68 
 
 
242 aa  59.7  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  39.64 
 
 
530 aa  58.9  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.43 
 
 
308 aa  58.9  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.39 
 
 
383 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.04 
 
 
574 aa  58.5  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.22 
 
 
707 aa  58.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
721 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.45 
 
 
578 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.08 
 
 
695 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 
282 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.97 
 
 
242 aa  55.5  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  30.14 
 
 
485 aa  55.5  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  31.86 
 
 
217 aa  55.5  0.0000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  40 
 
 
695 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
695 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
395 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.71 
 
 
234 aa  55.1  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.71 
 
 
234 aa  55.1  0.0000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.04 
 
 
378 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
241 aa  54.7  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  26.6 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.16 
 
 
232 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.89 
 
 
595 aa  53.9  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
228 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 
226 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.42 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.42 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  30.12 
 
 
1464 aa  54.3  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.89 
 
 
242 aa  53.5  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  31.72 
 
 
1510 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.04 
 
 
398 aa  53.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  32.09 
 
 
1485 aa  53.5  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  29.23 
 
 
240 aa  53.9  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  33.96 
 
 
267 aa  53.5  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.14 
 
 
251 aa  53.5  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
456 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.02 
 
 
731 aa  53.1  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.73 
 
 
570 aa  52.8  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
231 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
232 aa  53.1  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.12 
 
 
201 aa  52.8  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
921 aa  52.8  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  32.14 
 
 
584 aa  52.4  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 
237 aa  52.4  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
605 aa  52.4  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
231 aa  52.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.26 
 
 
1440 aa  52.4  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
237 aa  52  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.23 
 
 
453 aa  52  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  31.18 
 
 
1476 aa  52  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 
231 aa  52  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
242 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  32.69 
 
 
244 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  34.27 
 
 
244 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>