149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5634 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
226 aa  459  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  45.37 
 
 
228 aa  188  5.999999999999999e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.56 
 
 
243 aa  185  6e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.83 
 
 
247 aa  178  5.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  45.89 
 
 
250 aa  177  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  40.34 
 
 
238 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.02 
 
 
259 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  39.56 
 
 
254 aa  169  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.58 
 
 
295 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  37.89 
 
 
236 aa  164  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  42.01 
 
 
241 aa  161  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.65 
 
 
238 aa  158  7e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.37 
 
 
277 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.29 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  38.22 
 
 
237 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.75 
 
 
262 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  30.09 
 
 
259 aa  102  5e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.69 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.89 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.83 
 
 
237 aa  65.1  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.42 
 
 
257 aa  62  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.36 
 
 
498 aa  61.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.74 
 
 
230 aa  59.3  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  29.48 
 
 
258 aa  59.7  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
225 aa  58.9  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  26.99 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  26.74 
 
 
283 aa  57.8  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
228 aa  57.4  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
230 aa  56.6  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 
237 aa  55.8  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  32.05 
 
 
232 aa  55.5  0.0000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.32 
 
 
719 aa  55.5  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.8 
 
 
231 aa  54.3  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.49 
 
 
328 aa  54.7  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
232 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  24.44 
 
 
250 aa  53.5  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
230 aa  53.5  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 
226 aa  52.8  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 
243 aa  52.4  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 
234 aa  52.4  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  31.79 
 
 
229 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
229 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 
270 aa  52  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  26.26 
 
 
259 aa  52  0.000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.4 
 
 
269 aa  51.6  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
232 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 
231 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.9 
 
 
243 aa  51.6  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  31.82 
 
 
1485 aa  51.2  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
282 aa  51.6  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
231 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  30.39 
 
 
282 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 
238 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  30.39 
 
 
240 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.36 
 
 
234 aa  49.7  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  28.88 
 
 
245 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  34.09 
 
 
1476 aa  49.7  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
235 aa  49.7  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.28 
 
 
242 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  26.6 
 
 
217 aa  48.9  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 
595 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
242 aa  48.5  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.11 
 
 
238 aa  48.5  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  28.5 
 
 
242 aa  48.5  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2298  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.4 
 
 
193 aa  48.5  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.207631 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  29.61 
 
 
244 aa  48.5  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  26.55 
 
 
233 aa  47.8  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
308 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.72 
 
 
201 aa  47.8  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 
240 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  31.28 
 
 
242 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  26.55 
 
 
233 aa  47.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
232 aa  47  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
239 aa  47  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
449 aa  47  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  29.61 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
406 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
239 aa  47  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 
249 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
253 aa  46.6  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
239 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
236 aa  47  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
201 aa  46.6  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  28.89 
 
 
241 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  25.26 
 
 
215 aa  46.2  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 
410 aa  46.2  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  23 
 
 
1468 aa  45.8  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 
239 aa  45.8  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
239 aa  45.8  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
236 aa  45.8  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 
243 aa  45.8  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0832  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.64 
 
 
188 aa  45.8  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0668234  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  29.78 
 
 
240 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>