146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2298 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2298  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 193 aa  399  9.999999999999999e-111  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.207631 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  41.71 
 
 		 215 aa  154  6e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.13 
 
 		 190 aa  153  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  41.85 
 
 		 1476 aa  153  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  39.8 
 
 		 1510 aa  146  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  41.62 
 
 		 1485 aa  143  1e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04615  putative DNA polymerase III alpha subunit  38.71 
 
 		 1454 aa  136  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6834  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 		 193 aa  116  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000544485  normal  0.0136753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3681  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.32 
 
 		 200 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1721  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 		 203 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  hitchhiker  0.0000758333 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1552  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.57 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0259008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2722  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.26 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0172  exonuclease  35.56 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.84 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  31.49 
 
 		 516 aa  59.7  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.08 
 
 		 498 aa  60.1  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.78 
 
 		 367 aa  58.2  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  32.2 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  30.17 
 
 		 1397 aa  57  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  32.97 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0011  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.18 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.536124  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1161  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.46 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 		 565 aa  54.7  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  28.33 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  30.39 
 
 		 250 aa  54.3  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.55 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  30.17 
 
 		 313 aa  53.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  28.89 
 
 		 256 aa  52.8  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  29.69 
 
 		 1432 aa  52.8  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.88 
 
 		 238 aa  52.4  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.91 
 
 		 293 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.49 
 
 		 405 aa  52.4  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 244 aa  52.4  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  26.97 
 
 		 231 aa  52  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1920  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 		 204 aa  51.6  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.931749  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.5 
 
 		 201 aa  51.6  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  27.91 
 
 		 258 aa  51.2  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.08 
 
 		 226 aa  51.2  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 		 530 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0636  exonuclease  27 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.15 
 
 		 270 aa  50.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.44 
 
 		 247 aa  50.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 		 228 aa  50.1  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1638  DNA polymerase III, epsilon subunit, putative  28.29 
 
 		 204 aa  49.7  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.400233  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.52 
 
 		 259 aa  50.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.83 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.929727  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.46 
 
 		 259 aa  49.7  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.16 
 
 		 270 aa  49.3  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.45 
 
 		 203 aa  48.9  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.97 
 
 		 295 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.72 
 
 		 230 aa  48.9  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.96 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0139  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 		 190 aa  49.3  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0192788 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1764  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.387329  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0626  exonuclease, putative  25.7 
 
 		 224 aa  48.5  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0689924  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.83 
 
 		 191 aa  48.5  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.192375  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 		 328 aa  48.5  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.73 
 
 		 1442 aa  48.5  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 		 1443 aa  48.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 		 530 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0588  putative exonuclease  26.32 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40 
 
 		 262 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  28.81 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 		 934 aa  47  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.59 
 
 		 584 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.47 
 
 		 449 aa  47  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.71 
 
 		 578 aa  46.6  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.42 
 
 		 706 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  30.32 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.72 
 
 		 921 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 956 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  26.11 
 
 		 240 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 		 595 aa  46.6  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  27.32 
 
 		 245 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.51 
 
 		 722 aa  46.2  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  26.5 
 
 		 220 aa  45.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 		 240 aa  45.8  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.5 
 
 		 220 aa  45.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  26.11 
 
 		 259 aa  45.8  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.76 
 
 		 237 aa  45.8  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  28.42 
 
 		 1444 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 715 aa  45.8  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  27.32 
 
 		 797 aa  45.4  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  24.44 
 
 		 242 aa  45.4  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.97 
 
 		 259 aa  45.1  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 		 456 aa  45.4  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.17 
 
 		 256 aa  45.1  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  30.84 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.04 
 
 		 243 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  26.11 
 
 		 307 aa  44.3  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 231 aa  44.3  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>