46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1442 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  100 
 
 		 220 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 220 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  53.46 
 
 		 218 aa  245  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3657  putative DNA exonuclease X  50.89 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.45 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  31.82 
 
 		 242 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.03 
 
 		 240 aa  94.7  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.17 
 
 		 240 aa  92.4  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.74 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  26.99 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  30.32 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  30.32 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  30.63 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  30.63 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  30.63 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  30.63 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.63 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  29.86 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  30.18 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  30.18 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  30.18 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  29.86 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  30.18 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  29.86 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  29.55 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  29.86 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  27.87 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.28 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 		 231 aa  52.8  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.15 
 
 		 479 aa  48.9  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.03 
 
 		 292 aa  47  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  23.74 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  26.29 
 
 		 986 aa  45.4  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  27.13 
 
 		 258 aa  45.4  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.82 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  26.63 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  26.22 
 
 		 256 aa  42.7  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.84 
 
 		 864 aa  43.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  24.38 
 
 		 1397 aa  42.4  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  27.57 
 
 		 244 aa  42.4  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.55 
 
 		 269 aa  42.4  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  23.73 
 
 		 719 aa  41.6  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  23.98 
 
 		 1442 aa  41.6  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.08 
 
 		 189 aa  41.6  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 		 212 aa  41.6  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 		 212 aa  41.6  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>