229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0326 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
269 aa  533  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6608  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.18 
 
 
262 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0307436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  36.44 
 
 
232 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  36.25 
 
 
232 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  36.25 
 
 
232 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.1 
 
 
240 aa  101  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  35.83 
 
 
232 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  35.59 
 
 
220 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  35.83 
 
 
232 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.06 
 
 
240 aa  96.3  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  35.17 
 
 
220 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  35.17 
 
 
220 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.17 
 
 
220 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  35.17 
 
 
220 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  35.17 
 
 
220 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 
240 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  34.75 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  34.75 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  35.27 
 
 
220 aa  93.2  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  36.15 
 
 
220 aa  92.8  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  35.29 
 
 
222 aa  89.7  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  35.35 
 
 
223 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 
398 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 
378 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.14 
 
 
379 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
375 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  35.29 
 
 
381 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
381 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
392 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.98 
 
 
570 aa  65.5  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
395 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 
453 aa  63.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.01 
 
 
383 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
453 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
180 aa  60.8  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
462 aa  60.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
476 aa  58.5  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.99 
 
 
502 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  23.14 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
463 aa  57  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  28.57 
 
 
797 aa  56.6  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
631 aa  55.8  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  34.97 
 
 
630 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
530 aa  54.7  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.43 
 
 
605 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.98 
 
 
578 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  26.2 
 
 
457 aa  54.3  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.46 
 
 
566 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
578 aa  53.5  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.66 
 
 
257 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  34.43 
 
 
630 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  34.43 
 
 
630 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  23.14 
 
 
250 aa  53.5  0.000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  34.58 
 
 
585 aa  53.5  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.25 
 
 
466 aa  53.1  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.38 
 
 
242 aa  52.8  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 
574 aa  52.4  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.79 
 
 
297 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  29.54 
 
 
584 aa  52.4  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  28.24 
 
 
217 aa  52  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.68 
 
 
530 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.85 
 
 
584 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
456 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  37.25 
 
 
613 aa  51.6  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
659 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  33.15 
 
 
590 aa  52  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  31.55 
 
 
617 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.38 
 
 
242 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.71 
 
 
297 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  32.74 
 
 
242 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  34.58 
 
 
560 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 
574 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.26 
 
 
297 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.41 
 
 
203 aa  50.4  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 
470 aa  50.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.53 
 
 
196 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.11 
 
 
199 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
242 aa  49.7  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  32.52 
 
 
516 aa  49.7  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
242 aa  49.7  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  24 
 
 
791 aa  49.7  0.00005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  29.58 
 
 
242 aa  49.7  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.02 
 
 
256 aa  49.7  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.19 
 
 
482 aa  49.7  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
242 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
242 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
242 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
242 aa  49.3  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.66 
 
 
584 aa  49.3  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  29.93 
 
 
234 aa  49.3  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  29.93 
 
 
234 aa  49.3  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>