59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1066 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 237 aa  494  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  37.45 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.45 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3657  putative DNA exonuclease X  40 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.05 
 
 		 218 aa  159  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  30.84 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  30.84 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  30.4 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  30.4 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  30.4 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  29.96 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0941 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.87 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  29.87 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  29.87 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  29.87 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  28 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  29.66 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  29.44 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  29.87 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  29.44 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  29.44 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  26.67 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  29.6 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  25 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.45 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.08 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  30.6 
 
 		 1444 aa  57.4  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  27.04 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.67 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 		 721 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.27 
 
 		 292 aa  53.1  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.55 
 
 		 1390 aa  52  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 921 aa  49.7  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.24 
 
 		 269 aa  46.6  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  30.3 
 
 		 1388 aa  46.2  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.19 
 
 		 168 aa  45.4  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.01 
 
 		 986 aa  45.1  0.0009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  24.9 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 		 978 aa  44.7  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  28.06 
 
 		 630 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  28.89 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.33 
 
 		 695 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  32.29 
 
 		 530 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  26.29 
 
 		 1437 aa  43.9  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  27.04 
 
 		 630 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  27.04 
 
 		 630 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  26.67 
 
 		 1447 aa  43.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 		 714 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28.33 
 
 		 695 aa  42.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  28.57 
 
 		 570 aa  42.7  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.03 
 
 		 921 aa  42.7  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.45 
 
 		 308 aa  42.7  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.33 
 
 		 695 aa  42.4  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3263  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.67 
 
 		 550 aa  42.4  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  24.3 
 
 		 258 aa  42  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 		 453 aa  42  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  27.34 
 
 		 560 aa  42  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>