More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0559 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  100 
 
 
234 aa  474  1e-133  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  39.58 
 
 
247 aa  174  8e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 
246 aa  155  4e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.03 
 
 
292 aa  120  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 
240 aa  98.2  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  27.47 
 
 
222 aa  96.7  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 
240 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  31.33 
 
 
223 aa  86.3  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.76 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  26.81 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  26.81 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  26.81 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  26.81 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  26.89 
 
 
220 aa  82  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.38 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  26.38 
 
 
220 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  26.38 
 
 
220 aa  77.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  26.25 
 
 
250 aa  67.8  0.0000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
459 aa  67  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.8 
 
 
232 aa  67  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.99 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
392 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.99 
 
 
1433 aa  65.5  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
530 aa  65.1  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.13 
 
 
456 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
956 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.71 
 
 
921 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 
239 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
378 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.3 
 
 
212 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.73 
 
 
485 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
282 aa  63.2  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
280 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.3 
 
 
212 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.3 
 
 
212 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
398 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  26.74 
 
 
613 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 
180 aa  61.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.84 
 
 
375 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1367 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
453 aa  60.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.4 
 
 
530 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.84 
 
 
375 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1367 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  26.13 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.65 
 
 
481 aa  60.8  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  33.07 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
456 aa  59.7  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
375 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.51 
 
 
944 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
375 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
375 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.34 
 
 
616 aa  59.7  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
219 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.92 
 
 
228 aa  59.3  0.00000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  28.5 
 
 
797 aa  59.3  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.14 
 
 
954 aa  58.9  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  26.26 
 
 
1390 aa  58.9  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
502 aa  58.5  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
299 aa  58.5  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 
214 aa  58.5  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.95 
 
 
565 aa  57.8  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.37 
 
 
1444 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  28.15 
 
 
560 aa  57.8  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  23.62 
 
 
283 aa  57.8  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  26.22 
 
 
217 aa  57.4  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.33 
 
 
204 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.74 
 
 
395 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.11 
 
 
240 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.14 
 
 
269 aa  57  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.94 
 
 
1407 aa  57  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.23 
 
 
383 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.88 
 
 
203 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  25.33 
 
 
242 aa  57  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  28.5 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
215 aa  55.8  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.59 
 
 
234 aa  55.8  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
463 aa  55.8  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.59 
 
 
238 aa  55.8  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  28.4 
 
 
1436 aa  55.5  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  30.47 
 
 
1447 aa  55.5  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 
909 aa  55.5  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.11 
 
 
233 aa  55.5  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.93 
 
 
233 aa  55.5  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1030  Rad3-related DNA helicase  27.11 
 
 
937 aa  55.5  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0174435  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  32.06 
 
 
242 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.3 
 
 
242 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 
453 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>