74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0699 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 218 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  53.46 
 
 		 220 aa  245  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.46 
 
 		 220 aa  245  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3657  putative DNA exonuclease X  52.51 
 
 		 224 aa  228  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.05 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  32.68 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 		 240 aa  74.7  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  27.49 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  29.26 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  26.39 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  26.73 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  27.19 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  25.93 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  25.93 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.73 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  26.79 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  26.73 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  26.73 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  26.73 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  26.73 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  26.73 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  26.27 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  25.46 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  26.27 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  25.46 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  28.24 
 
 		 1444 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  24.23 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  26.67 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.9 
 
 		 257 aa  52  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6608  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.56 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0307436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.6 
 
 		 238 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  25.73 
 
 		 1433 aa  48.9  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  27.38 
 
 		 707 aa  48.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.22 
 
 		 256 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  25.13 
 
 		 1435 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.22 
 
 		 269 aa  45.8  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 498 aa  45.8  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  25.29 
 
 		 1437 aa  45.1  0.0008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 		 242 aa  45.1  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 		 242 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 242 aa  44.3  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.42 
 
 		 292 aa  44.3  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  26.42 
 
 		 986 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  24.73 
 
 		 1440 aa  43.9  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.35 
 
 		 565 aa  43.9  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.28 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  26.55 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.84 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  25.15 
 
 		 970 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  26.11 
 
 		 714 aa  42.7  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.2 
 
 		 930 aa  42.4  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 		 242 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 456 aa  42.4  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  25.15 
 
 		 1433 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  24.28 
 
 		 168 aa  42  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 		 242 aa  42  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 		 242 aa  42  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.7 
 
 		 238 aa  42  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 		 242 aa  42  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  24.56 
 
 		 1433 aa  41.6  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 		 231 aa  41.6  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.29 
 
 		 242 aa  41.6  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>