169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3263 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3263  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 550 aa  1123    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.93 
 
 		 565 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.84 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 		 240 aa  65.5  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  34.34 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0421  helicase/exonuclease  23.04 
 
 		 870 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  27.92 
 
 		 707 aa  62  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2302  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 829 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.556709  normal  0.916479 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.27 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.76 
 
 		 240 aa  59.7  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  26.79 
 
 		 645 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 		 609 aa  59.7  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  33.82 
 
 		 237 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  24.71 
 
 		 870 aa  58.5  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.5 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 605 aa  57.8  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 		 204 aa  57  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30.37 
 
 		 695 aa  57  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  29.55 
 
 		 247 aa  57  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.37 
 
 		 695 aa  57  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0612  heat shock protein DnaJ domain protein  40.43 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0619  heat shock protein DnaJ domain protein  40.43 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.480443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0678  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  40.43 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.476505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 		 330 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0734  heat shock protein DnaJ domain protein  40.43 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 		 330 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 		 204 aa  56.2  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.42 
 
 		 578 aa  55.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  26.2 
 
 		 714 aa  55.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  32.23 
 
 		 254 aa  55.8  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  28.43 
 
 		 330 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 		 231 aa  55.1  0.000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0668  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  40.43 
 
 		 391 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.42 
 
 		 226 aa  55.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  30.25 
 
 		 256 aa  54.7  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.72 
 
 		 498 aa  54.7  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  32.3 
 
 		 170 aa  54.3  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  31.85 
 
 		 228 aa  54.7  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.27 
 
 		 769 aa  53.9  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  26.46 
 
 		 359 aa  53.9  0.000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  27.08 
 
 		 630 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 		 203 aa  52.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  30.68 
 
 		 203 aa  52.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  28.41 
 
 		 238 aa  52.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 239 aa  52  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.31 
 
 		 204 aa  52  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  30.32 
 
 		 203 aa  51.2  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  29.31 
 
 		 584 aa  51.2  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 		 239 aa  51.2  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  29.67 
 
 		 241 aa  51.2  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 		 389 aa  51.2  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 		 184 aa  50.8  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 		 184 aa  50.8  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 		 215 aa  50.8  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  26.8 
 
 		 287 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  27.27 
 
 		 630 aa  50.8  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  27.27 
 
 		 630 aa  50.8  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 		 232 aa  50.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  26.99 
 
 		 329 aa  50.4  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  26.86 
 
 		 245 aa  50.4  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  28.14 
 
 		 250 aa  49.7  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  21.88 
 
 		 266 aa  50.1  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 230 aa  50.1  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.41 
 
 		 231 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  27.19 
 
 		 333 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  26.19 
 
 		 345 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 		 485 aa  49.7  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 		 731 aa  50.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.65 
 
 		 228 aa  50.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 203 aa  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 		 228 aa  49.3  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 		 328 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.05 
 
 		 1440 aa  48.9  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  26.29 
 
 		 240 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.57 
 
 		 719 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  25.81 
 
 		 259 aa  48.5  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  28.49 
 
 		 240 aa  48.5  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 225 aa  48.5  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  28.25 
 
 		 1433 aa  48.5  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  29.41 
 
 		 590 aa  48.5  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 		 944 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  23.98 
 
 		 205 aa  48.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 231 aa  48.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  35.48 
 
 		 244 aa  47.8  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.84 
 
 		 479 aa  47.8  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.73 
 
 		 262 aa  48.1  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.14 
 
 		 566 aa  47.8  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.4 
 
 		 864 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 		 168 aa  47.8  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 		 232 aa  47.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  28.25 
 
 		 184 aa  47.8  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 		 235 aa  47.4  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  27.08 
 
 		 729 aa  47.8  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  27.81 
 
 		 601 aa  47.8  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 		 595 aa  47.4  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>