More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0183 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
250 aa  497  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 
228 aa  194  2e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.03 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.78 
 
 
259 aa  181  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  45.25 
 
 
241 aa  178  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.89 
 
 
226 aa  178  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  43.1 
 
 
238 aa  169  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.44 
 
 
295 aa  168  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.54 
 
 
238 aa  167  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  38.36 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  39.22 
 
 
236 aa  164  9e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.98 
 
 
277 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.36 
 
 
262 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.74 
 
 
243 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  37.87 
 
 
237 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.74 
 
 
283 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  28.8 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 
256 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 
498 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  30.96 
 
 
232 aa  71.6  0.00000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 
453 aa  70.1  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.76 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
249 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  37.75 
 
 
242 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
240 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 
242 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  33.52 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
234 aa  67  0.0000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  33.77 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 
530 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  34.39 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  33.11 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  32.94 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  32.94 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
244 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  29.33 
 
 
244 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  35.26 
 
 
389 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  31.4 
 
 
233 aa  63.5  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  31.36 
 
 
233 aa  63.5  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
244 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  34.18 
 
 
242 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.54 
 
 
235 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
244 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
225 aa  63.2  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
242 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
244 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  31.15 
 
 
1485 aa  62.4  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 
235 aa  62.4  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  43.33 
 
 
258 aa  62.4  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.03 
 
 
231 aa  62  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
237 aa  62  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.1 
 
 
280 aa  62  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  31.4 
 
 
1442 aa  61.6  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
237 aa  62  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
243 aa  61.6  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  32.45 
 
 
241 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  30.49 
 
 
245 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
240 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.77 
 
 
530 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 
236 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 
235 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
269 aa  59.7  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
481 aa  59.7  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
257 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
233 aa  59.3  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
706 aa  59.3  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
238 aa  58.9  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  30.37 
 
 
714 aa  58.9  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 
232 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  33.94 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
282 aa  58.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  31.95 
 
 
330 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
237 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.93 
 
 
308 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  31.28 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  31.37 
 
 
729 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.79 
 
 
328 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 
406 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
659 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>