76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0468 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  100 
 
 		 259 aa  537  9.999999999999999e-153  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  37.39 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.34 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  36.16 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.51 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.87 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  29.02 
 
 		 237 aa  95.5  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  30.57 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.47 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.89 
 
 		 262 aa  85.9  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.37 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.29 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.52 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.04 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  27.78 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  26.19 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 		 695 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  36.27 
 
 		 695 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.35 
 
 		 479 aa  50.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.42 
 
 		 1440 aa  49.7  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.04 
 
 		 328 aa  48.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.46 
 
 		 217 aa  48.5  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 		 695 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  33.08 
 
 		 170 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.13 
 
 		 257 aa  45.8  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.06 
 
 		 659 aa  45.8  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 		 595 aa  45.4  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  24.37 
 
 		 237 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  32.46 
 
 		 240 aa  45.4  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  27.82 
 
 		 1464 aa  44.7  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 280 aa  44.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.62 
 
 		 769 aa  43.9  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  30.84 
 
 		 236 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.47 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  29.03 
 
 		 1433 aa  44.3  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 242 aa  44.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.08 
 
 		 574 aa  43.5  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  23.81 
 
 		 1438 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.83 
 
 		 378 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  23.81 
 
 		 1438 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  27.65 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  27.33 
 
 		 249 aa  43.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  28.23 
 
 		 1433 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.08 
 
 		 235 aa  43.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  28.23 
 
 		 1433 aa  43.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 		 1444 aa  43.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  28.23 
 
 		 1433 aa  43.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  28.23 
 
 		 1433 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 242 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 332 aa  42.7  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 332 aa  42.7  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1433 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 242 aa  42.4  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 242 aa  42.4  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  27.78 
 
 		 1433 aa  42.4  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1433 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1433 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.31 
 
 		 1433 aa  42.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.91 
 
 		 242 aa  42.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  31.78 
 
 		 205 aa  42  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.17 
 
 		 970 aa  42  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.38 
 
 		 944 aa  42  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.63 
 
 		 1435 aa  42  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.34 
 
 		 242 aa  42  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.7 
 
 		 1442 aa  42  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  31.75 
 
 		 180 aa  42  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>