More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1852 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1852  exonuclease  100 
 
 
259 aa  536  9.999999999999999e-153  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.79 
 
 
269 aa  314  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  54.69 
 
 
258 aa  298  5e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.57 
 
 
257 aa  298  6e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  55.38 
 
 
256 aa  296  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.63 
 
 
328 aa  285  8e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.43 
 
 
270 aa  281  9e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  51.71 
 
 
283 aa  275  5e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.39 
 
 
258 aa  273  3e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.74 
 
 
308 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  44.76 
 
 
530 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.5 
 
 
695 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.86 
 
 
530 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
453 aa  78.6  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
547 aa  78.6  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  28.69 
 
 
232 aa  74.7  0.000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.57 
 
 
378 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.26 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.07 
 
 
695 aa  72.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
695 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  33.95 
 
 
1365 aa  72  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.32 
 
 
375 aa  72  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.73 
 
 
247 aa  71.6  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.25 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.25 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.32 
 
 
375 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.25 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
864 aa  70.5  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.14 
 
 
479 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
659 aa  69.7  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.68 
 
 
398 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 
482 aa  67.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.61 
 
 
463 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.61 
 
 
481 aa  68.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.29 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
395 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.45 
 
 
466 aa  65.9  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.17 
 
 
462 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  30.95 
 
 
1421 aa  65.9  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30.29 
 
 
236 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 
392 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  37.04 
 
 
379 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  28.64 
 
 
551 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 
242 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.32 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  39.13 
 
 
250 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  31.9 
 
 
245 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  31.9 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.75 
 
 
470 aa  63.5  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.76 
 
 
262 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.86 
 
 
228 aa  63.9  0.000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  27.54 
 
 
250 aa  63.2  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
231 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  28.76 
 
 
574 aa  62.8  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.39 
 
 
566 aa  63.2  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  29.34 
 
 
234 aa  62.8  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  29.34 
 
 
234 aa  62.8  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.95 
 
 
410 aa  62.4  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
476 aa  62  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
242 aa  62  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 
715 aa  61.6  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
226 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
406 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  29.35 
 
 
238 aa  61.6  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  29.34 
 
 
457 aa  60.5  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.5 
 
 
1465 aa  60.8  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.43 
 
 
578 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
236 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  42.31 
 
 
405 aa  60.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  30.12 
 
 
217 aa  59.7  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.53 
 
 
383 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
243 aa  60.1  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  30.11 
 
 
1432 aa  59.7  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 
527 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  32.34 
 
 
485 aa  59.7  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 
453 aa  59.3  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.06 
 
 
475 aa  59.3  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.76 
 
 
1433 aa  59.3  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.89 
 
 
605 aa  59.3  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 
237 aa  58.9  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
234 aa  59.3  0.00000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
232 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.23 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
921 aa  58.9  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  30.16 
 
 
613 aa  58.9  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 
239 aa  58.9  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  25.93 
 
 
791 aa  58.9  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  30.13 
 
 
574 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  37 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
225 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
595 aa  57.8  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 
442 aa  57.4  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  24.39 
 
 
1402 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>