More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_13583 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  100 
 
 
258 aa  533  1e-150  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  75.78 
 
 
256 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  72.44 
 
 
258 aa  399  9.999999999999999e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.17 
 
 
328 aa  299  3e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  54.69 
 
 
259 aa  298  5e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.81 
 
 
269 aa  295  5e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.66 
 
 
257 aa  282  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.62 
 
 
270 aa  271  9e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  51.12 
 
 
283 aa  266  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 
308 aa  98.6  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  30.8 
 
 
232 aa  83.6  0.000000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.59 
 
 
395 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  29.38 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.55 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  33.75 
 
 
530 aa  79  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
530 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.53 
 
 
481 aa  77  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.88 
 
 
383 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  31.63 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.88 
 
 
398 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
695 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  31.31 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  31.18 
 
 
238 aa  72.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
547 aa  71.6  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 
378 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  27.78 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.54 
 
 
342 aa  70.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.07 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.71 
 
 
453 aa  69.3  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 
715 aa  69.7  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
375 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
375 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
375 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  33.57 
 
 
695 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.3 
 
 
574 aa  68.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
375 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
695 aa  68.6  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  26.59 
 
 
381 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  26.59 
 
 
381 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  26.59 
 
 
381 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.72 
 
 
595 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 
482 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.04 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
470 aa  67.8  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.03 
 
 
238 aa  67.8  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.77 
 
 
551 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
835 aa  66.6  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
449 aa  66.6  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.36 
 
 
262 aa  65.5  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
406 aa  65.5  0.0000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.82 
 
 
479 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  30.25 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.09 
 
 
220 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 
864 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  36.79 
 
 
1447 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  26.09 
 
 
220 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  26.09 
 
 
220 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  30.34 
 
 
954 aa  63.9  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 
237 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  24.89 
 
 
250 aa  63.2  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.67 
 
 
1440 aa  63.2  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.36 
 
 
442 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  28.4 
 
 
457 aa  63.2  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  37.5 
 
 
1365 aa  63.2  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  25.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.06 
 
 
234 aa  62.8  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.41 
 
 
242 aa  62.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.06 
 
 
234 aa  62.8  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
242 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
242 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  26.75 
 
 
791 aa  62.4  0.000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
462 aa  62  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  43.33 
 
 
250 aa  62  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.53 
 
 
283 aa  62  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  35.35 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
231 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.52 
 
 
243 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.06 
 
 
659 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.87 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  26.27 
 
 
578 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 
228 aa  60.1  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
282 aa  59.7  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.22 
 
 
405 aa  60.1  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.54 
 
 
463 aa  60.1  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  26.96 
 
 
232 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.63 
 
 
253 aa  60.1  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  26.96 
 
 
232 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  29.52 
 
 
720 aa  59.3  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
236 aa  59.7  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.45 
 
 
502 aa  59.3  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>