265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5942 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
270 aa  556  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.29 
 
 
269 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  56.51 
 
 
283 aa  326  3e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.65 
 
 
328 aa  311  7.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.7 
 
 
257 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  49.43 
 
 
259 aa  281  1e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  49.62 
 
 
258 aa  271  1e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.57 
 
 
258 aa  263  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  50.76 
 
 
256 aa  259  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 
308 aa  97.1  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.59 
 
 
453 aa  76.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.99 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.59 
 
 
375 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.2 
 
 
375 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.28 
 
 
378 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 
482 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.78 
 
 
398 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
254 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 
530 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.24 
 
 
463 aa  67  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
864 aa  66.2  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
481 aa  66.6  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.98 
 
 
547 aa  65.9  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  32.39 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.65 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
395 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
392 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
476 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.55 
 
 
238 aa  63.2  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
715 aa  62.4  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  30.99 
 
 
287 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  37.04 
 
 
530 aa  62.4  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  38.89 
 
 
379 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 
479 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
498 aa  60.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39.13 
 
 
1433 aa  61.2  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  32.94 
 
 
714 aa  60.1  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  33.66 
 
 
1437 aa  60.1  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
383 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  30.99 
 
 
1421 aa  59.3  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.07 
 
 
466 aa  59.3  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.47 
 
 
470 aa  58.9  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 
462 aa  58.2  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.82 
 
 
944 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
695 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.14 
 
 
978 aa  58.5  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
381 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  30.73 
 
 
381 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  24.1 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
381 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  29.65 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  33.12 
 
 
485 aa  57.4  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.49 
 
 
584 aa  57  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 
242 aa  57  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  30.77 
 
 
574 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.86 
 
 
242 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.94 
 
 
240 aa  56.6  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  32.08 
 
 
791 aa  56.6  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  32.73 
 
 
566 aa  56.2  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.28 
 
 
238 aa  56.6  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  31.79 
 
 
551 aa  56.2  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 
1433 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 
1433 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.75 
 
 
595 aa  55.8  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
250 aa  55.5  0.0000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.65 
 
 
1365 aa  55.8  0.0000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  30.64 
 
 
954 aa  55.8  0.0000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.32 
 
 
252 aa  55.5  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.03 
 
 
242 aa  55.5  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.99 
 
 
262 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  36 
 
 
695 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 
921 aa  54.7  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.61 
 
 
930 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  27.33 
 
 
1402 aa  54.7  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
242 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.84 
 
 
226 aa  55.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  28.34 
 
 
242 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  27.27 
 
 
970 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.25 
 
 
240 aa  54.7  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  36.19 
 
 
516 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 
1433 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  29.15 
 
 
245 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
237 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  36.56 
 
 
1426 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
695 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 
1433 aa  53.9  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 
1433 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  32.1 
 
 
797 aa  53.9  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  30.94 
 
 
1043 aa  53.5  0.000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 
234 aa  53.5  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 
234 aa  53.5  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>