More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3900 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
269 aa  557  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.29 
 
 
270 aa  379  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  57.95 
 
 
283 aa  342  4e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.92 
 
 
328 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  54.79 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.58 
 
 
257 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  52.81 
 
 
258 aa  295  6e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.96 
 
 
258 aa  289  4e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.31 
 
 
256 aa  285  8e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.2 
 
 
308 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.88 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.83 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
547 aa  80.5  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 
453 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.58 
 
 
466 aa  78.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  35.14 
 
 
530 aa  74.7  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.96 
 
 
247 aa  74.7  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.61 
 
 
470 aa  73.9  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.72 
 
 
482 aa  73.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.2 
 
 
530 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
463 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.65 
 
 
695 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  40.38 
 
 
1365 aa  69.7  0.00000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
389 aa  68.9  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  39.64 
 
 
379 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
481 aa  67.4  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  30.73 
 
 
238 aa  67.4  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 
715 aa  67  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  31.06 
 
 
242 aa  67  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
392 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30.39 
 
 
695 aa  66.2  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.87 
 
 
231 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
695 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.95 
 
 
476 aa  66.2  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 
479 aa  65.9  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.35 
 
 
462 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
395 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
769 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  30.61 
 
 
485 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.09 
 
 
375 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.09 
 
 
375 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.18 
 
 
375 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.09 
 
 
375 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
383 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.05 
 
 
442 aa  63.9  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.18 
 
 
375 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
864 aa  63.5  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  31.11 
 
 
254 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
944 aa  63.2  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.99 
 
 
398 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  30.86 
 
 
287 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  37.62 
 
 
1527 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.61 
 
 
342 aa  62  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  27.6 
 
 
242 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  29.27 
 
 
1402 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.1 
 
 
300 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  38.74 
 
 
381 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
453 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  38.74 
 
 
381 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  39.81 
 
 
381 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.41 
 
 
238 aa  60.1  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  38.32 
 
 
516 aa  59.3  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
714 aa  59.3  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  30.25 
 
 
1421 aa  59.3  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 
242 aa  59.3  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.35 
 
 
262 aa  58.9  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  30.73 
 
 
954 aa  58.9  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  28.99 
 
 
791 aa  58.9  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 
527 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
252 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  31.29 
 
 
797 aa  58.5  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  40.78 
 
 
1426 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.93 
 
 
226 aa  57.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.59 
 
 
707 aa  57.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  30.05 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  30.05 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  31.61 
 
 
720 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.46 
 
 
574 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
236 aa  57  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  23.81 
 
 
250 aa  57  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
595 aa  56.6  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.91 
 
 
956 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.99 
 
 
551 aa  56.6  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
498 aa  56.6  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.59 
 
 
201 aa  55.8  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
532 aa  56.2  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.5 
 
 
1433 aa  55.8  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
242 aa  56.2  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  25.11 
 
 
457 aa  55.8  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
225 aa  55.8  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  35.09 
 
 
250 aa  55.8  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 
228 aa  55.8  0.0000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
242 aa  55.8  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  33.11 
 
 
407 aa  55.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 
242 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.16 
 
 
934 aa  55.5  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 
242 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 
242 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>