More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0008 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
258 aa  531  1e-150  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  77.56 
 
 
256 aa  414  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  72.44 
 
 
258 aa  399  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.55 
 
 
328 aa  299  3e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.96 
 
 
269 aa  289  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  51.39 
 
 
259 aa  273  3e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.22 
 
 
257 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  50.75 
 
 
283 aa  265  5e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.57 
 
 
270 aa  263  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.04 
 
 
308 aa  109  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  32.96 
 
 
530 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.51 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.28 
 
 
530 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  45.1 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.92 
 
 
262 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.77 
 
 
481 aa  75.1  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.35 
 
 
247 aa  74.7  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 
453 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  31.37 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  30.58 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
392 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  29.15 
 
 
228 aa  72  0.000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.22 
 
 
1365 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 
695 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  29.41 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.24 
 
 
611 aa  67.8  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
944 aa  67.4  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.78 
 
 
383 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
659 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.49 
 
 
238 aa  66.2  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.48 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.17 
 
 
283 aa  65.5  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
479 aa  65.5  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
547 aa  65.5  0.0000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 
398 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.65 
 
 
695 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  35.66 
 
 
379 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 
715 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
449 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  27.44 
 
 
217 aa  63.9  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.61 
 
 
695 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.04 
 
 
378 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
389 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  30.19 
 
 
791 aa  63.5  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
864 aa  62.8  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  28.43 
 
 
551 aa  62.8  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 
237 aa  62.4  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
595 aa  62.4  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.53 
 
 
226 aa  62  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
731 aa  61.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
375 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
375 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
375 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
375 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  43.33 
 
 
250 aa  60.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 
375 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 
463 aa  60.8  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
719 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.85 
 
 
1442 aa  60.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
453 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.48 
 
 
240 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.08 
 
 
466 aa  60.1  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
201 aa  60.1  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.61 
 
 
293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
956 aa  59.7  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  28.04 
 
 
259 aa  59.7  0.00000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 
1449 aa  59.7  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  34.91 
 
 
1447 aa  59.3  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.08 
 
 
282 aa  59.3  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.85 
 
 
240 aa  58.9  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
470 aa  58.5  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
234 aa  58.5  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  28.33 
 
 
574 aa  58.5  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.49 
 
 
328 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
381 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  32.56 
 
 
381 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  26.56 
 
 
1449 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.82 
 
 
442 aa  58.2  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.47 
 
 
482 aa  57.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
921 aa  57.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.42 
 
 
769 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
381 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.72 
 
 
707 aa  57.4  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.01 
 
 
226 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 
476 aa  57  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.53 
 
 
462 aa  57  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.64 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.15 
 
 
235 aa  57  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.37 
 
 
835 aa  56.2  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  31.48 
 
 
287 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
502 aa  56.2  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
456 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  30.86 
 
 
485 aa  56.2  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
228 aa  56.2  0.0000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>