232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3054 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
283 aa  554  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.77 
 
 
247 aa  256  3e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  58.44 
 
 
241 aa  255  5e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.47 
 
 
238 aa  239  5e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  53.98 
 
 
238 aa  225  7e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  41.28 
 
 
254 aa  159  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  43.06 
 
 
236 aa  158  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  43.59 
 
 
237 aa  156  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.75 
 
 
277 aa  152  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.29 
 
 
226 aa  149  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.8 
 
 
243 aa  148  8e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.36 
 
 
259 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  40.27 
 
 
228 aa  142  8e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.92 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  39.74 
 
 
250 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.99 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  35.87 
 
 
259 aa  129  6e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.57 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.34 
 
 
256 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  25.47 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
234 aa  72  0.000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.9 
 
 
328 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
269 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  30.05 
 
 
259 aa  59.3  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 
1464 aa  59.3  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.54 
 
 
530 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.96 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  26.5 
 
 
283 aa  57.4  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.52 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  28.11 
 
 
232 aa  56.6  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  32.61 
 
 
231 aa  57  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
242 aa  57  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.62 
 
 
253 aa  56.6  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
270 aa  55.8  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  32.4 
 
 
238 aa  55.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  30.27 
 
 
242 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  26.7 
 
 
1485 aa  55.1  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  27.42 
 
 
217 aa  54.3  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1436 aa  54.7  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 
267 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  32.4 
 
 
242 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  31.62 
 
 
215 aa  54.3  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 
237 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  33.15 
 
 
601 aa  54.3  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  32.14 
 
 
236 aa  53.9  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1438 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1438 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.84 
 
 
242 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 
242 aa  53.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.11 
 
 
578 aa  53.1  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  30.94 
 
 
617 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  30.73 
 
 
1476 aa  52.8  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 
234 aa  52.8  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.88 
 
 
236 aa  52.8  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
242 aa  52.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  27.33 
 
 
1635 aa  52.4  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
242 aa  52.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.22 
 
 
609 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0588  putative exonuclease  27.41 
 
 
224 aa  52  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
242 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
242 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  28.27 
 
 
719 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  32.04 
 
 
574 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
234 aa  51.2  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
392 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.51 
 
 
257 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
252 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
242 aa  51.6  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
233 aa  51.2  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.38 
 
 
238 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.85 
 
 
239 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  38.89 
 
 
530 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
234 aa  51.2  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 
229 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
242 aa  51.6  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  26.46 
 
 
249 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  32.79 
 
 
229 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
631 aa  50.4  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  35.33 
 
 
249 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.51 
 
 
954 aa  50.4  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.32 
 
 
570 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.74 
 
 
659 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.1 
 
 
190 aa  50.4  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  28.47 
 
 
527 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 
240 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
239 aa  50.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  32.47 
 
 
239 aa  50.1  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
242 aa  50.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>