263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1509 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
295 aa  595  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.21 
 
 
277 aa  216  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  46.26 
 
 
228 aa  191  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  44.44 
 
 
250 aa  172  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.18 
 
 
226 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.19 
 
 
247 aa  170  2e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  41.48 
 
 
254 aa  169  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  39.3 
 
 
236 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.92 
 
 
238 aa  163  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  45.16 
 
 
241 aa  162  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.04 
 
 
259 aa  155  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.93 
 
 
243 aa  149  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.61 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  39.57 
 
 
238 aa  146  5e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  37.87 
 
 
237 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.9 
 
 
283 aa  129  6e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  37.44 
 
 
259 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
244 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.49 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  32.97 
 
 
244 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  31.02 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.74 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
240 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
240 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  30.85 
 
 
244 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  30.22 
 
 
240 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  30.85 
 
 
244 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 
242 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.57 
 
 
225 aa  64.3  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  30.22 
 
 
245 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  32.42 
 
 
231 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.02 
 
 
231 aa  63.5  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  30.48 
 
 
244 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
242 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  30.32 
 
 
244 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  31.89 
 
 
249 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.98 
 
 
256 aa  62.8  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.57 
 
 
243 aa  62.8  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.33 
 
 
238 aa  62.4  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  31.91 
 
 
240 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.75 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  30.27 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  31.72 
 
 
241 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.35 
 
 
244 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 
237 aa  61.2  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.69 
 
 
236 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
235 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 
239 aa  60.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.87 
 
 
234 aa  60.5  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.87 
 
 
234 aa  60.5  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  30.43 
 
 
215 aa  60.5  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.46 
 
 
498 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.21 
 
 
230 aa  59.7  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
769 aa  59.3  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.1 
 
 
201 aa  59.3  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  34.64 
 
 
345 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.08 
 
 
328 aa  59.3  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.23 
 
 
228 aa  58.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  30.29 
 
 
239 aa  58.9  0.0000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.1 
 
 
243 aa  58.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
230 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.53 
 
 
242 aa  58.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  35.84 
 
 
259 aa  57.8  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  32.52 
 
 
258 aa  57.8  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
236 aa  57.4  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
269 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
706 aa  57.4  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 
236 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 
241 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1552  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.18 
 
 
213 aa  56.6  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0259008  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
253 aa  56.6  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
236 aa  56.6  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.64 
 
 
237 aa  56.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  29.03 
 
 
252 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.8 
 
 
235 aa  55.8  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.45 
 
 
238 aa  55.8  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  31.78 
 
 
527 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.46 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.54 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
235 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.01 
 
 
532 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
186 aa  55.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.21 
 
 
217 aa  54.3  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 
232 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 
232 aa  55.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
186 aa  54.7  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
236 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
231 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
722 aa  53.5  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>